软件

π集群有许多预建的软件模块,并且数量还在不断增长,欢迎您告诉我们您研究领域中流行的软件。

π集群使用Environment Module加载软件,您可参阅 软件模块使用方法 文档。

软件按以下类别列出,可以使用文档页面顶栏的搜索框查找软件。

编译器、MPI库、数学库、应用工具

编译器MPI库数学库应用工具

软件

描述

可用版本

平台

GNU Compiler

GNU编译器套件

9.3(D)

cpu arm

Intel Compiler

Intel编译器套件

19.1.1

cpu

CUDA

NVIDIA CUDA SDK

10.2(D)

cpu

NVIDIA HPC SDK

NVIDIA HPC SDK

20.11(D)

gpu

JDK

Java开发套件

12.0

cpu arm

bisheng

ARM平台高性能编译器

1.3.3

arm

OpenMPI

OpenMPI是一个开源MPI实现

3.1.5

cpu arm

Intel MPI

Intel MPI是一个高性能MPI实现

2019.4

cpu

Hyper-MPI

ARM平台高性能MPI实现

4.0.3

arm

Intel MKL

Intel MKL(数学核心函数库)包含BLAS、LAPACK、SCALAPACK、的高效实现

19.3

cpu

OpenBLAS

OpenBLAS是一个开源的BLAS、LAPACK高效实现

2.4

cpu arm

GSL

GNU Scientific Library是由C/C++编写的高效开源科学计算库

2.5

cpu arm

Eigen

Eigen是一个C++编写的线性代数模板库

3.3.7

cpu arm

FFTW

FFTW是一个被广泛使用快速傅里叶变换库

3.3.7

cpu arm

Hypre

hypre是一个求解大型线性方程组的C语言库

2.20.0

cpu

Conda

环境管理与包管理软件

4.6.14

cpu arm

Python

一种广泛使用的解释型、高级和通用的编程语言

3.8, 3.7

cpu arm

PERL

一种功能丰富的计算机程序语言

5.30

cpu arm

R

为数学研究工作者设计的一种数学编程语言

3.6.2

cpu studio

Jupyter

为数十种编程语言的交互式计算开发开源软件,开放标准和服务

gpu studio

MATLAB

商业数学软件,用于数据分析

cpu studio

CMAKE

跨平台的编译工具,生成Makefile文件

cpu

基准测试

基准测试

软件

描述

可用版本

平台

OSU Benchmarks

由俄亥俄州立大学开发的高速网络基准测试

5.6.3

cpu arm

HPL

用于Top500超算排名的高性能线性方程求解基准测试程序,测量超算集群性能

2.3

cpu arm

原子分子软件

原子分子软件

软件

描述

可用版本

平台

ABINIT

第一原理平面波赝势总能计算软件包

8.10.3

cpu

GROMACS

研究生物分子体系的分子动力学程序包

2020

cpu gpu arm

VASP

量化计算软件

5.4.4

cpu gpu arm

amber

分子动力学模拟软件

20

cpu gpu arm

LAMMPS

桑迪亚实验室开发的一套分子动力学模拟器,原子分子大规模并行模拟.

2020

cpu gpu arm

NWChem

量子化学计算软件

6.8.1

cpu

Quantum ESPRESSO

纳米尺度上进行电子结构计算和材料建模

6.6

cpu arm

CP2k

基于密度泛函理论的从头算分子动力学软件

6.1

cpu gpu arm

SIESTA

用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟

4.0.1

cpu

VMD

分子可视化程序

1.9.4

cpu studio

OVITO

分析数据及可视化动力学结果

3.2.1

cpu studio

Paraview

开源、跨平台数据分析和可视化程序

0.4.1

cpu studio

gnuplot

开源、跨平台数据分析和可视化程序

4.6

cpu studio

QuickPIC

模拟基于等离子体的加速器问题

1.0

cpu

gmx_MMPBSA

基于AMBER的MMPBSA.py开发,使用GROMACS文件执行端态自由能计算

1.4.3

cpu

工程计算软件

工程计算软件

软件

描述

可用版本

平台

CESM

地球气候系统模式

1.2

cpu

WRF

中尺度天气预报模式

3.8,3.9,4.2

cpu arm

Nektar++

有限元分析软件

5.0.0

cpu

Octave

用于数值计算和绘图的开源软件,比matable更加轻型便捷,适用于小型场合。

5.2.0

cpu studio

OpenFOAM

面向对象的计算流体力学类库

7, 1712, 1812,

cpu

STAR

流体力学计算分析软件

2.7.0

cpu

STAR-CCM+

新一代通用计算流体力学分析软件

2.7.0

cpu

Gerris

求解描述流体流动的偏微分方程的软件

1.3.2

cpu

SUMO

开源交通信号模拟软件

1.10.0

cpu

Elphbolt

开源交通信号模拟软件

1.10.0

cpu

AI计算软件

AI计算软件

软件

描述

可用版本

平台

PyTorch

开源的python机器学习库

1.6.0

gpu

TensorFlow

用于各类机器学习算法的编程实现

2.0.0

gpu

Keras

Python编写的开源人工神经网络库能在TensorFlow、Theano或PlaidML上运行。

2.1.0, 2.3.0

cpu gpu

Apache TVM

开源的机器学习编译框架

0.8.0

arm

生信计算软件

生信计算软件

软件

描述

可用版本

平台

AlphaFold2

DeepMind开源蛋白质结构,深度学习算法通过蛋白质序列来预测蛋白质结构.

2.0

gpu

AUGUSTUS

基于 PMML(Predictive Model Markup Language) 的数据统计和挖掘模型

1.5.1

cpu

BatVI

检测病毒整合的软件包

2.1.0

cpu

BASIL-ANISE

从 BAM 格式的对齐配对 HTS 读数中检测结构变体断点的方法

0.2.13

cpu

BCFtools

vcf和BCF文件的工具合集

1.10.2

cpu arm

BEDTOOLS2

可以对genomic features进行比较、相关操作和注释的工具

2.27.1

cpu

BICseq2

SV检测软件

0.3.0

cpu

BISMARK

全基因组甲基化软件

0.19.0

cpu

Blast-plus

基于局部比对算法的搜索工具

2.9.0

arm

BOWTIE

一种快速短对齐器

1.2.3

cpu

BOWTIE2

短序列比对软件

2.3.5.1

cpu

BreakDancer

C++软件包,可提供下一代配对末端测序读取的全基因组结构变异检测

2019-5-12

cpu

BWA

一款将序列比对到参考基因组上的软件

0.7.17

cpu

cd-hit

序列聚类软件

4.8.1

cpu

CDO

包含大量标准处理气候和预报模式数据的算子的集合

1.9.8

cpu

cdsapi

允许用户通过 Python 脚本从 CDS 数据集请求数据的服务

1.5.1

cpu

CREST

一种使用下一代测序数据以碱基对分辨率检测基因组结构变异的新算法

10.0.130

cpu gpu

Control-FERRC

一种使用深度测序数据检测拷贝数变化和等位基因不平衡(包括 LOH)的工具

0.11.7

cpu

CNVnator

一种用于发现和表征群体基因组测序数据中拷贝数变异 (CNV) 的工具

3.8

cpu

CLEVER

用于分析下一代测序数据的工具

10.6.2

cpu

CUFFLINKS

主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找

2.2.1

cpu

DeepGo

使用深度学习识别分类器根据序列和相互作用预测蛋白质功能

2.4.3

cpu

DeepVariant

开源工具,用深度神经网络从DNA测序数据中快速较精确识别碱基变异位点

10.0.130

cpu gpu

DELLY

一种集成的结构变异(SV)预测方法

2.2.1, 0.8.3

cpu arm

DESeq2

分析来自 RNA-seq 的计数数据的一项基本任务是检测差异表达的基因

1.3.4d

cpu

ERDS

实体关系图

2.2.1

cpu

FASTQC

一款基于Java快速多线程地对测序数据进行质量评估的软件

0.11.7

cpu

FermiKit

Illumina全基因组germline变异检出流程

0.11.7

cpu

FSL

核磁共振、DTI脑成像数据分析软件

6.0

cpu

GATK

二代重测序数据分析软件

3.8

cpu

GEANT4

C++软件包, 用于模拟粒子在物质中输运的物理过程

10.6.2

cpu

GenomeStrip

识别拷贝数变异区

10.0.130

cpu gpu

GMAP-GSNAP

mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序

2019-5-12

cpu

GRAPHMAP

一个高度敏感和准确的映射器

0.3.0

cpu

GRIDSS

用于 Web 的二维布局系统

2.2.1

cpu

GsUtil

Python 应用程序,可让您从命令行访问 Google Cloud Storage

1.3.4d

cpu

HISAT2

快速、灵敏的比对软件

2.1.0

cpu arm

HMMER

序列比对软件

3.3

arm

Hydra-sv

使用双端映射检测结构变异 (SV) 断点

0.7.17

cpu

km

使用 k-mer 分解进行 RNA-seq 研究的软件

240

cpu

Lumpy

用于基因组结构变异SV的检测

1.2.3

cpu

LUMPY-SV

一款SV检测工具

0.2.13

cpu

MAKER

基因组注释流程

2.1.2

cpu

Manta

检测单个样品的germline变异和tumor/normal配对样品的somatic变异

1.6.0

arm

MEGAHIT

二代测序从头组装工具

1.1.4

cpu

METIS

图切分软件包

5.1.0

cpu

MELT

模拟岩浆演化的工具

2.27.1

cpu

MetaSV

用于下一代测序的准确且综合的结构变异检测器

1.1.4

cpu

MindTheGap

虚拟原型中的GPU建模

5.1.0

cpu

Mobster

一个 mob/pair 编程计时器

3.2.7a

cpu

MrBayes

系统树重建软件

3.2.7a

cpu

NCBI-RMBLASTN

基于序列相似性的数据库搜索程序

2.2.28

cpu

OpenSlide-python

C 库,它提供了一个简单的界面来读取整张幻灯片图像

cpu

pandas

使用python进行数据分析的基本工具,用来分析表结构的数据

2.1.2

cpu

PBSV

从 PacBio SMRT读数中检出和分析二倍体基因组中的结构变异

2.2.28

cpu

PICARD

一组命令行工具,用于处理高通量排序(HTS)数据和格式

2.19.0

cpu

Pindel

检测复杂INDEL

2.19.0

cpu

PRISM

多功能统计工具

1.1.8, 3.6.2

cpu studio

r-rgl

为 3D 交互式图形提供中高级函数

240

cpu

Relion

针对单颗粒冷冻电镜图片进行处理的框架

3.0.8

gpu studio

RetroSeq

基因分型转座元件变体(TEV)检测工具

3.0.8

gpu studio

RNA-SEQC

计算一系列对RNA-Seq数据进行质量控制的计量学的java程序

1.1.8

cpu

RoseTTAFold

开源蛋白质结构预测软件

1.0

gpu

SALMON

一种从 RNA-seq 数据中快速量化转录本的工具

0.14.1

cpu

SAMTOOLS

用于操作sam和bam文件的工具合集

1.9

cpu

Sniffles

用于检测长读长数据的SV

1.1.8

cpu

SOAPDENOVO2

用于序列组装的软件

240

cpu

SRATOOLKIT

将 .sra文件转换为 .fstaq.gz文件的工具

2.9.6

cpu

sra-tools

使用 INSDC 序列读取档案中的数据的工具和库的集合

2.9.6

cpu

STRINGTIE

转录组标表达定量软件

1.3.4d

cpu

STRique

Python包,用于分析ONT长读长测序数据中STR的重复扩展和甲基化状态

cpu

SV2

一种机器学习算法,对双端全基因组测序数据中的缺失和重复进行基因分型

0.14.1

cpu

SvABA

全基因组局部组装检测测序数据中结构变异的软件

1.1.3

cpu

SVDetect

从测序数据中分离和预测染色体内和染色体间重排的应用程序

240

cpu

TOPHAT

将RNA-Seq数据进行快速剪接映射的程序

2.1.2

cpu

VARDICTJAVA

用 Java 和 Perl 编写的变种发现程序

1.5.1

cpu

VSEARCH

开源免费的64位,无内存限制的扩增子数据处理分析软件

2.4.3

cpu

VariationHunter

变异检测软件

1.9.8

cpu

Wham

加权直方图分析方法

2.9.6

cpu

WGCNA

加权相关网络分析

cpu