软件¶
π集群有许多预建的软件模块，并且数量还在不断增长，欢迎您告诉我们您研究领域中流行的软件。
编译器
软件 |
描述 |
可用版本 |
平台 |
|---|---|---|---|
GNU编译器套件 |
5.5, 7.4, 8.3, 9.2, 9.3(D) |
|
|
Intel编译器套件 |
19.0.4, 19.0.5, 19.1.1(D) |
|
|
NVIDIA CUDA SDK |
9.0, 10.0, 10.1, 10.2(D) |
|
|
NVIDIA HPC SDK |
20.11(D) |
|
|
JDK |
Java开发套件 |
12.0 |
|
|
MPI库
软件 |
描述 |
可用版本 |
平台 |
|---|---|---|---|
OpenMPI |
OpenMPI是一个开源MPI实现 |
3.1.5 |
|
Intel MPI |
Intel MPI是一个高性能MPI实现 |
2019.4 |
|
|
基准测试
软件 |
描述 |
可用版本 |
平台 |
|---|---|---|---|
由俄亥俄州立大学开发的高速网络基准测试 |
5.6.3 |
|
|
用于Top500超算排名的高性能线性方程求解基准测试 |
2.3 |
|
数学库
软件 |
描述 |
可用版本 |
平台 |
|---|---|---|---|
Intel MKL |
Intel MKL(数学核心函数库)包含BLAS、LAPACK、SCALAPACK、FFTW的高效实现 |
19.3 |
|
OpenBLAS是一个开源的BLAS、LAPACK高效实现 |
2.4 |
|
|
GNU Scientific Library是由C/C++编写的高效开源科学计算库 |
2.5 |
|
|
Eigen是一个C++编写的线性代数模板库 |
3.3.7 |
|
|
FFTW |
FFTW是一个被广泛使用快速傅里叶变换库 |
3.3.7 |
|
hypre是一个求解大型线性方程组的C语言库 |
原子分子软件
软件 |
描述 |
可用版本 |
平台 |
|---|---|---|---|
第一原理平面波赝势总能计算软件包 |
8.10.3 |
|
|
研究生物分子体系的分子动力学程序包 |
2020 |
|
|
test2 |
|
||
大规模原子分子并行模拟器 |
2020 |
|
|
量子化学计算软件 |
6.8.1 |
|
|
纳米尺度上进行电子结构计算和材料建模 |
6.6 |
|
|
基于密度泛函理论的从头算分子动力学软件 |
6.1 |
|
|
用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟 |
4.0.1 |
|
|
分子可视化程序 |
1.9.4 |
|
|
分析数据及可视化动力学结果 |
3.2.1 |
|
|
开源、跨平台数据分析和可视化程序 |
0.4.1 |
|
|
模拟基于等离子体的加速器问题 |
|
工程计算软件
软件 |
描述 |
可用版本 |
平台 |
|---|---|---|---|
地球气候系统模式 |
1.2 |
|
|
有限元分析软件 |
5.0.0 |
|
|
用于数值计算和绘图的开源软件 |
5.2.0 |
|
|
科学计算软件,以矩阵的形式处理数据 |
R2021a |
|
|
面向对象的计算流体力学类库 |
7, 1712, 1812, |
|
|
流体力学计算分析软件 |
2.7.0 |
|
|
新一代通用计算流体力学分析软件 |
|
||
求解描述流体流动的偏微分方程的软件 程序 |
1.3.2 |
|
AI 计算软件
软件 |
描述 |
可用版本 |
平台 |
|---|---|---|---|
开源的python机器学习库 |
1.6.0 |
|
|
用于各类机器学习算法的编程实现 |
2.0.0 |
|
|
Python编写的开源人工神经网络库 |
2.1.0, 2.3.0 |
|
生信计算软件
软件 |
描述 |
可用版本 |
平台 |
|---|---|---|---|
DeepMind开源蛋白质结构预测软件 |
2.0 |
|
|
1.9.3 |
|
||
2.27.1 |
|
||
0.19.0 |
|
||
1.2.3 |
|
||
一款将序列比对到参考基因组上的软件 |
0.7.17 |
|
|
1.9.8 |
|
||
2.2.1 |
|
||
10.0.130 |
|
||
0.11.7 |
|
||
二代重测序数据分析软件 |
3.8 |
|
|
10.6.2 |
|
||
2019-5-12 |
|
||
0.3.0 |
|
||
2.1.0 |
|
||
0.2.13 |
|
||
1.1.4 |
|
||
5.1.0 |
|
||
3.2.7a |
|
||
2.2.28 |
|
||
2.19.0 |
|
||
1.1.8, 3.6.2 |
|
||
3.0.8 |
|
||
1.1.8 |
|
||
开源蛋白质结构预测软件 |
1.0 |
|
|
0.14.1 |
|
||
1.9 |
|
||
240 |
|
||
2.9.6 |
|
||
1.3.4d |
|
||
|
|||
2.1.2 |
|
||
1.5.1 |
|
||
2.4.3 |
|
||
2.27.1 |
|
||
0.19.0 |
|
||
用于基因组结构变异SV的检测 |
1.2.3 |
|
|
0.7.17 |
|
||
1.9.8 |
|
||
2.2.1 |
|
||
10.0.130 |
|
||
0.11.7 |
|
||
2.2.1 |
|
||
2.2.1 |
|
||
10.0.130 |
|
||
0.11.7 |
|
||
3.8 |
|
||
10.6.2 |
|
||
2019-5-12 |
|
||
0.3.0 |
|
||
2.1.0 |
|
||
0.2.13 |
|
||
1.1.4 |
|
||
5.1.0 |
|
||
3.2.7a |
|
||
2.2.28 |
|
||
2.19.0 |
|
||
1.1.8, 3.6.2 |
|
||
3.0.8 |
|
||
1.1.8 |
|
||
0.14.1 |
|
||
1.9 |
|
||
240 |
|
||
2.9.6 |
|
||
1.3.4d |
|
||
|
|||
2.1.2 |
|
||
1.5.1 |
|
||
240 |
|
||
2.9.6 |
|
||
1.3.4d |
|
||
|
|||
2.1.2 |
|
||
1.5.1 |
|
||
2.4.3 |
|
||
240 |
|
||
序列比对软件 |
3.3 |
|
|
SV检测软件 |
1.6.0 |
|
|
vcf和BCF文件的工具合集 |
1.10.2 |
|
|
基于局部比对算法的搜索工具 |
2.9.0 |
|
|
短序列比对软件 |
2.3.5.1 |
|
|
序列聚类软件 |
4.8.1 |
|