软件

π集群有许多预建的软件模块,并且数量还在不断增长,欢迎您告诉我们您研究领域中流行的软件。

编译器

软件

描述

可用版本

平台

GNU Compiler

GNU编译器套件

5.5, 7.4, 8.3, 9.2, 9.3(D)

cpu arm

Intel Compiler

Intel编译器套件

19.0.4, 19.0.5, 19.1.1(D)

gpu

CUDA

NVIDIA CUDA SDK

9.0, 10.0, 10.1, 10.2(D)

gpu

NVIDIA HPC SDK

NVIDIA HPC SDK

20.11(D)

gpu

JDK

Java开发套件

12.0

cpu arm

bisheng

arm

MPI库

软件

描述

可用版本

平台

OpenMPI

OpenMPI是一个开源MPI实现

3.1.5

cpu arm

Intel MPI

Intel MPI是一个高性能MPI实现

2019.4

cpu

Hyper-MPI

arm

基准测试

软件

描述

可用版本

平台

OSU Benchmarks

由俄亥俄州立大学开发的高速网络基准测试

5.6.3

cpu arm

HPL

用于Top500超算排名的高性能线性方程求解基准测试

2.3

cpu arm

数学库

软件

描述

可用版本

平台

Intel MKL

Intel MKL(数学核心函数库)包含BLAS、LAPACK、SCALAPACK、FFTW的高效实现

19.3

cpu

OpenBLAS

OpenBLAS是一个开源的BLAS、LAPACK高效实现

2.4

cpu arm

GSL

GNU Scientific Library是由C/C++编写的高效开源科学计算库

2.5

cpu arm

Eigen

Eigen是一个C++编写的线性代数模板库

3.3.7

cpu arm

FFTW

FFTW是一个被广泛使用快速傅里叶变换库

3.3.7

cpu arm

Hypre

hypre是一个求解大型线性方程组的C语言库

原子分子软件

软件

描述

可用版本

平台

ABINIT

第一原理平面波赝势总能计算软件包

8.10.3

cpu

GROMACS

研究生物分子体系的分子动力学程序包

2020

cpu gpu arm

VASP

test2

cpu gpu arm

amber

LAMMPS

大规模原子分子并行模拟器

2020

cpu gpu arm

NWChem

量子化学计算软件

6.8.1

cpu

Quantum ESPRESSO

纳米尺度上进行电子结构计算和材料建模

6.6

cpu

CP2k

基于密度泛函理论的从头算分子动力学软件

6.1

cpu

SIESTA

用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟

4.0.1

cpu

VMD

分子可视化程序

1.9.4

cpu studio

OVITO

分析数据及可视化动力学结果

3.2.1

cpu studio

Paraview的使用说明

开源、跨平台数据分析和可视化程序

0.4.1

cpu studio

QuickPIC

模拟基于等离子体的加速器问题

cpu

工程计算软件

软件

描述

可用版本

平台

CESM

地球气候系统模式

1.2

cpu

WRF

Nektar++

有限元分析软件

5.0.0

cpu

Octave

用于数值计算和绘图的开源软件

5.2.0

cpu studio

MATLAB

科学计算软件,以矩阵的形式处理数据

R2021a

cpu studio

OpenFOAM

面向对象的计算流体力学类库

7, 1712, 1812,

cpu

STAR

流体力学计算分析软件

2.7.0

cpu

STAR-CCM+

新一代通用计算流体力学分析软件

cpu

Gerris

求解描述流体流动的偏微分方程的软件 程序

1.3.2

cpu

AI 计算软件

软件

描述

可用版本

平台

PyTorch

开源的python机器学习库

1.6.0

gpu

TensorFlow

用于各类机器学习算法的编程实现

2.0.0

gpu

Keras

Python编写的开源人工神经网络库

2.1.0, 2.3.0

cpu gpu

生信计算软件

软件

描述

可用版本

平台

AlphaFold2

DeepMind开源蛋白质结构预测软件

2.0

gpu

BCFtools

1.9.3

cpu

BEDTOOLS2

2.27.1

cpu

BISMARK

0.19.0

cpu

BOWTIE

1.2.3

cpu

BWA

一款将序列比对到参考基因组上的软件

0.7.17

cpu

CDO

1.9.8

cpu

CUFFLINKS

2.2.1

cpu

DeepVariant

10.0.130

cpu gpu

FASTQC

0.11.7

cpu

GATK

二代重测序数据分析软件

3.8

cpu

GEANT4

10.6.2

cpu

GMAP-GSNAP

2019-5-12

cpu

GRAPHMAP

0.3.0

cpu

HISAT2

2.1.0

cpu

LUMPY-SV

0.2.13

cpu

MEGAHIT

1.1.4

cpu

METIS

5.1.0

cpu

MrBayes

3.2.7a

cpu

NCBI-RMBLASTN

2.2.28

cpu

PICARD

2.19.0

cpu

R

1.1.8, 3.6.2

cpu studio

Relion

3.0.8

gpu studio

RNA-SEQC

1.1.8

cpu

RoseTTAFold

开源蛋白质结构预测软件

1.0

gpu

SALMON

0.14.1

cpu

SAMTOOLS

1.9

cpu

SOAPDENOVO2

240

cpu

SRATOOLKIT

2.9.6

cpu

STRINGTIE

1.3.4d

cpu

STRique

cpu

TOPHAT

2.1.2

cpu

VARDICTJAVA

1.5.1

cpu

VSEARCH

2.4.3

cpu

MELT

2.27.1

cpu

Manta

0.19.0

cpu

Lumpy

用于基因组结构变异SV的检测

1.2.3

cpu

Hydra-sv

0.7.17

cpu

VariationHunter

1.9.8

cpu

GRIDSS

2.2.1

cpu

GenomeStrip

10.0.130

cpu gpu

FermiKit

0.11.7

cpu

ERDS

2.2.1

cpu

DELLY

2.2.1

cpu

CREST

10.0.130

cpu gpu

Control-FERRC

0.11.7

cpu

CNVnator

3.8

cpu

CLEVER

10.6.2

cpu

BreakDancer

2019-5-12

cpu

BICseq2

0.3.0

cpu

BatVI

2.1.0

cpu

BASIL-ANISE

0.2.13

cpu

MetaSV

1.1.4

cpu

MindTheGap

5.1.0

cpu

Mobster

3.2.7a

cpu

PBSV

2.2.28

cpu

Pindel

2.19.0

cpu

PRISM

1.1.8, 3.6.2

cpu studio

RetroSeq

3.0.8

gpu studio

Sniffles

1.1.8

cpu

SV2

0.14.1

cpu

SvABA

1.9

cpu

SVDetect

240

cpu

Wham

2.9.6

cpu

GsUtil

1.3.4d

cpu

OpenSlide-python

cpu

pandas

2.1.2

cpu

cdsapi

1.5.1

cpu

r-rgl

240

cpu

sra-tools

2.9.6

cpu

DESeq2

1.3.4d

cpu

WGCNA

cpu

MAKER

2.1.2

cpu

AUGUSTUS

1.5.1

cpu

DeepGo

2.4.3

cpu

km

240

cpu

HMMER

序列比对软件

3.3

arm

Manta

SV检测软件

1.6.0

arm

BCFtools

vcf和BCF文件的工具合集

1.10.2

cpu arm

Blast-plus

基于局部比对算法的搜索工具

2.9.0

arm

BOWTIE2

短序列比对软件

2.3.5.1

cpu

cd-hit

序列聚类软件

4.8.1

cpu