LUMPY-SV¶

简介¶

lumpy是目前比较流行的一款SV检测工具，它同时支持PEM与SR和RD三种模式。在biostar上很多用户推荐，在lumpy所发的文章中，与Pindel，delly，gasvpro等软件比较，也有不错的效果。软件使用也非常容易，不仅支持gemrline样品，也支持somatic样品。

ARM集群上的LUMPY-SV¶

ARM上的LUMPY-SV以容器的形式安装部署。镜像路径为 /lustre/share/img/aarch64/lumpy-sv/lumpy-sv.sif 。

示例脚本如下(lumpy.slurm)：

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=arm128c256g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

export IMAGE_NAME=/lustre/share/img/aarch64/lumpy-sv/lumpy-sv.sif
singularity exec $IMAGE_NAME lumpyexpress \
 -B my.bam \
 -S my.splitters.bam \
 -D my.discordants.bam \
 -o output.vcf

使用如下指令提交：

$ sbatch lumpy.slurm

最后更新: 2024 年 11 月 19 日