Seurat

简介

Seurat是由 New York Genome Center, Satija Lab 开发的单细胞数据分析集成软件包。其功能不仅包含基本的数据分析流程,如质控,细胞筛选,细胞类型鉴定,特征基因选择,差异表达分析,数据可视化等。同时也包括一些高级功能,如时序单细胞数据分析,不同组学单细胞数据整合分析等。

安装方式

可以使用Conda进行安装,以思源一号为例:

srun -p 64c512g -n 4 --pty /bin/bash
module load miniconda3/4.10.3
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda create -n seurat
source activate seurat
conda install r-seurat

参考资料


Last update: Jan 15, 2024