BWA¶

简介¶

BWA是用于将DNA与大型参考基因组（例如人类基因组）进行比对的开源软件。

可用的版本¶

版本	构建方式	模块名
0.7.17	spack	bwa/0.7.17-intel-2021.4.0 思源一号
0.7.17	spack	bwa/0.7.17-gcc-11.2.0 Pi2.0
0.7.17	spack	bwa/0.7.17-gcc-8.5.0 Pi2.0

算例获取方式¶

思源：
mkdir ~/bwa && cd ~/bwa
cp -r /dssg/share/sample/bwa/* ./
gzip -d B17NC_R1.fastq.gz
gzip -d B17NC_R2.fastq.gz

π2.0:
mkdir ~/bwa && cd ~/bwa
cp -r /lustre/share/sample/bwa/* ./
gzip -d B17NC_R1.fastq.gz
gzip -d B17NC_R2.fastq.gz

集群上的BWA¶

思源一号 BWA
π2.0 BWA

思源一号上的BWA¶

首先，创建索引文件¶

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=bwa
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load bwa
bwa index -a bwtsw hg19.fa

然后在运行相关数据¶

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=bwa
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load bwa
bwa mem -t 64 hg19.fa B17NC_R1.fastq B17NC_R2.fastq

π2.0上的BWA¶

创建索引文件¶

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=bwa
#SBATCH --partition=small
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load bwa
bwa index -a bwtsw hg19.fa

运行相关数据¶

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=bwa
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load bwa
bwa mem -t 40 hg19.fa B17NC_R1.fastq B17NC_R2.fastq

运行结果¶

思源一号¶

索引文件创建结果：
[bwt_gen] Finished constructing BWT in 695 iterations.
[bwa_index] 1935.82 seconds elapse.
[bwa_index] Update BWT... 10.76 sec
[bwa_index] Pack forward-only FASTA... 8.42 sec
[bwa_index] Construct SA from BWT and Occ... 743.24 sec
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa index -a bwtsw hg19.fa
[main] Real time: 2750.503 sec; CPU: 2713.697 sec

64核心运行结果
[M::mem_process_seqs] Processed 4720686 reads in 456.298 CPU sec, 8.910 real sec
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa mem -t 64 hg19.fa B17NC_R1.fastq B17NC_R2.fastq
[main] Real time: 184.120 sec; CPU: 7961.600 sec

π2.0¶

索引文件创建结果：
[bwt_gen] Finished constructing BWT in 695 iterations.
[bwa_index] 1989.35 seconds elapse.
[bwa_index] Update BWT... 13.47 sec
[bwa_index] Pack forward-only FASTA... 13.20 sec
[bwa_index] Construct SA from BWT and Occ... 739.38 sec
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa index -a bwtsw hg19.fa
[main] Real time: 2784.274 sec; CPU: 2775.397 sec

64核心运行结果
[M::mem_process_seqs] Processed 1520686 reads in 169.987 CPU sec, 4.657 real sec
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa mem -t 40 hg19.fa B17NC_R1.fastq B17NC_R2.fastq
[main] Real time: 320.462 sec; CPU: 9784.877 sec

参考链接：https://github.com/lh3/bwa

最后更新: 2024 年 11 月 19 日