HMMER

简介

HMMER 和 BLAST 类似,主要用于序列比对。HMMER是由Sean Eddy编写的用于序列分析的免费且常用的软件包。它的 一般用法是鉴定同源蛋白质或核苷酸序列,并进行序列比对。

在ARM超算HMMER编译

该软件适用于ARM超算的正式版暂未发布,请关注软件官方网站等待正式版发布。 若任务急需可申请计算节点后输入以下命令编译开发版。 注意:开发版本可能存在问题,请尽量等待正式版本发布后再进行安装。

srun -p arm128c256g -n 4 --pty /bin/bash
cd /YOUR/PATH/TO/HMMER
git clone -b h3-arm https://github.com/EddyRivasLab/hmmer.git
cd hmmer
git clone -b develop https://github.com/EddyRivasLab/easel.git
cd easel
autoconf
./configure --prefix=/YOUR/PATH/TO/HMMER/hmmer/easel
make
make check
make install
cd ..
autoconf
./configure --prefix=/YOUR/PATH/TO/HMMER/hmmer
make
make check
make install

最后更新: 2024 年 06 月 25 日