Minimap2

简介

Minimap2是一个多功能的序列比对程序, 可将DNA或mRNA序列与大型参考数据库进行比对。

可用版本

版本

平台

构建方式

模块名

2.14

cpu

spack

minimap2/2.14-gcc-11.2.0 Pi2.0

算例获取方式

pi2.0:
mkdir ~/minimap2 && cd ~/minimap2
cp -r /lustre/opt/cascadelake/linux-rhel8-skylake_avx512/gcc-11.2.0/minimap2-2.14-w7pbon3ooyyiysiroflg3ofh56yhptdj/data/* ./

任务脚本

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=minimap2
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load minimap2/2.14-gcc-11.2.0
minimap2 -a MT-human.fa MT-orang.fa > test.sam

参考资料


最后更新: 2024 年 04 月 08 日