Minimap2¶
简介¶
Minimap2是一个多功能的序列比对程序， 可将DNA或mRNA序列与大型参考数据库进行比对。
可用版本¶
版本 |
平台 |
构建方式 |
模块名 |
|---|---|---|---|
2.14 |
|
spack |
minimap2/2.14-gcc-11.2.0 Pi2.0 |
算例获取方式¶
pi2.0：
mkdir ~/minimap2 && cd ~/minimap2
cp -r /lustre/opt/cascadelake/linux-rhel8-skylake_avx512/gcc-11.2.0/minimap2-2.14-w7pbon3ooyyiysiroflg3ofh56yhptdj/data/* ./
任务脚本¶
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=minimap2
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module load minimap2/2.14-gcc-11.2.0
minimap2 -a MT-human.fa MT-orang.fa > test.sam
参考资料¶
最后更新:
2024 年 11 月 19 日