BCFtools¶

简介¶

BCFtools主要是用来操作vcf和BCF文件的工具合集，包含有许多命令。用户可使用集群上已经部署的版本，也可自行编译。

CPU 版本 BCFtools 源码安装方法¶

srun -p 64c512g -n 4 --pty /bin/bash
mkdir ${HOME}/01.application/09.bcftools && cd ${HOME}/01.application/09.bcftools
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.15.1/bcftools-1.15.1.tar.bz2
tar -jxvf  bcftools-1.15.1.tar.bz2
cd bcftools-1.15.1/
./configure --prefix=${HOME}/01.application/09.bcftools/
make
make install
export PATH=${HOME}/01.application/09.bcftools/bin/:$PATH

π2 版本BCFtools¶

示例脚本如下(bcftools.slurm):

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load bcftools/1.9-gcc-9.2.0
bcftools query -f '%CHROM %ID %POS %REF %ALT [ %TGT]\n' test.vcf.gz -o test.extract.txt
bcftools stats test.vcf > test.vcf.stats

使用如下指令提交：

$ sbatch bcftools.slurm

ARM 版本BCFtools¶

示例脚本如下(bcftools.slurm):

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=arm128c256g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module use /lustre/share/spack/modules/kunpeng920/linux-centos7-aarch64
module load bcftools/1.10.2-gcc-9.3.0-openblas
bcftools query -f '%CHROM %ID %POS %REF %ALT [ %TGT]\n' test.vcf.gz -o test.extract.txt
bcftools stats test.vcf > test.vcf.stats

使用如下指令提交：

$ sbatch bcftools.slurm

最后更新: 2024 年 11 月 19 日