GENOZIP¶
简介¶
Genozip是用于基因组数据的通用且功能齐全的压缩软件。Genozip通过提供五项核心功能——通用性(对所有常见基因组文件格式的支持)、高压缩率、速度、功能丰富性和可扩展性,被设计为基因组压缩的通用软件和开发框架。Genozip为基因组学研究中广泛使用的基因组数据格式(即FASTQ,SAM / BAM / CRAM,VCF,GVF,FASTA,PHYLIP和23andMe格式)提供高性能压缩。
使用方法与范例¶
软件调用¶
module load genozip/15.0.56
License¶
拷贝license至家目录,拷贝一次即可
cp $LIC ~
简单的压缩和解压缩¶
注意:默认会使用当前节点全部的CPU核心,可通过--threads N来调控线程数量,如果需要多线程压缩解压缩,请申请计算节点使用
genozip test.fq.gz
genounzip test.fq.genozip
指定20线程压缩¶
genozip --threads 20 test.fq.gz
使用参考压缩¶
为了对 FASTQ 和 BAM 文件实现良好的压缩,强烈建议使用参考进行压缩
genozip --reference hs37d5.fa.gz mydata.fq.gz
genounzip mydata.fq.genozip
共同压缩一对 FASTQ 文件¶
当将它们压缩在一起时,Genozip 可以利用一对 FASTQ 文件中相应读取之间的冗余来提高压缩率,使用--pair:
genozip --reference hs37d5.fa.gz --pair mysample-R1.fastq.gz mysample-R2.fastq.gz
注意事项¶
genozip为收费开源软件,对学术用户开放学术授权,免费使用,如果需要商用请至genozip官网购买license
参考¶
genozip compression quick guide: https://www.genozip.com/compression
最后更新:
2024 年 10 月 11 日