GENOZIP

简介

Genozip是用于基因组数据的通用且功能齐全的压缩软件。Genozip通过提供五项核心功能——通用性(对所有常见基因组文件格式的支持)、高压缩率、速度、功能丰富性和可扩展性,被设计为基因组压缩的通用软件和开发框架。Genozip为基因组学研究中广泛使用的基因组数据格式(即FASTQ,SAM / BAM / CRAM,VCF,GVF,FASTA,PHYLIP和23andMe格式)提供高性能压缩。

../../_images/genozip1.png

使用方法与范例

软件调用

module load genozip/15.0.56

License

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cp $LIC ~

简单的压缩和解压缩

注意:默认会使用当前节点全部的CPU核心,可通过--threads N来调控线程数量,如果需要多线程压缩解压缩,请申请计算节点使用

genozip test.fq.gz

genounzip test.fq.genozip

指定20线程压缩

genozip --threads 20 test.fq.gz

使用参考压缩

为了对 FASTQ 和 BAM 文件实现良好的压缩,强烈建议使用参考进行压缩

genozip --reference hs37d5.fa.gz mydata.fq.gz

genounzip mydata.fq.genozip

共同压缩一对 FASTQ 文件

当将它们压缩在一起时,Genozip 可以利用一对 FASTQ 文件中相应读取之间的冗余来提高压缩率,使用--pair:

genozip --reference hs37d5.fa.gz --pair mysample-R1.fastq.gz mysample-R2.fastq.gz

注意事项

  • genozip为收费开源软件,对学术用户开放学术授权,免费使用,如果需要商用请至genozip官网购买license

参考


最后更新: 2024 年 06 月 25 日