sra-tools

简介

来自 NCBI 的 SRA 工具包和 SDK 是用于使用 INSDC 序列读取档案中的数据的工具和库的集合。

完整步骤

srun -p small -n 4 --pty /bin/bash
module load miniconda3
conda create -n mypy
source activate mypy
conda install -c bioconda sra-tools

源码安装步骤

srun -p small -n 4 --pty /bin/bash
mkdir -p ${HOME}/01.application/13.sra-tools && cd ${HOME}/01.application/13.sra-tools
wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
tar -vxzf sratoolkit.tar.gz
export PATH=${HOME}/01.application/13.sra-tools/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64/bin:$PATH
which fasterq-dump

参考资料


最后更新: 2024 年 04 月 08 日