Cell Ranger

简介

Cell Ranger是一组分析流程,用于从单细胞数据中执行样本解多重复用、条形码处理、单细胞3'和5'基因计数、 V(D)J转录序列组装和注释,以及特征条形码分析。

可用版本

版本

平台

构建方式

模块名

7.2.0

cpu

precompile

cellranger/7.2.0 Pi2.0

安装命令

前往Cell Ranger下载页面填写10x Genomics用户软件许可协议信息,获得下载链接

tar -zxvf cellranger-7.2.0.tar.gz
export PATH=/PATH/TO/cellranger-7.2.0:$PATH

任务脚本

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=cellrange
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load cellranger/7.2.0
cellranger testrun --id=check_install

参考资料


最后更新: 2024 年 04 月 08 日