Cell Ranger¶
简介¶
Cell Ranger是一组分析流程，用于从单细胞数据中执行样本解多重复用、条形码处理、单细胞3'和5'基因计数、 V(D)J转录序列组装和注释，以及特征条形码分析。
可用版本¶
版本 |
平台 |
构建方式 |
模块名 |
|---|---|---|---|
7.2.0 |
|
precompile |
cellranger/7.2.0 Pi2.0 |
安装命令¶
前往Cell Ranger下载页面填写10x Genomics用户软件许可协议信息，获得下载链接
tar -zxvf cellranger-7.2.0.tar.gz
export PATH=/PATH/TO/cellranger-7.2.0:$PATH
任务脚本¶
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=cellrange
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module load cellranger/7.2.0
cellranger testrun --id=check_install
参考资料¶
最后更新:
2024 年 11 月 19 日