Hydra-sv¶

简介¶

用于使用双端映射检测结构变异 (SV) 断点。与其他算法类似，Hydra 通过对不一致的双端对齐进行聚类来检测 SV 断点，其“签名”证实了相同的假定断点。Hydra 可以检测由所有类别的结构变异引起的断点。它还旨在检测独特和重复基因组区域的变异（例如，片段重复和转座子插入中的突变）；因此，它将检查具有多个不一致比对的配对末端读数。

完整步骤¶

wget https://storage.googleapis.com/google-code-archive-downloads/v2/code.google.com/hydra-sv/Hydra.v0.5.3.tar.gz
wget https://storage.googleapis.com/google-code-archive-downloads/v2/code.google.com/hydra-sv/bedpeToBed12.py
wget https://storage.googleapis.com/google-code-archive-downloads/v2/code.google.com/hydra-sv/hydraFrequency.py
tar -zxvf Hydra.v0.5.3.tar.gz
cd Hydra-Version-0.5.3
make clean
make all

使用方法

cd bin
./hydra -h

最后更新: 2024 年 11 月 22 日