GATE

简介

GATE是OpenGATE协作开发的开源软件，致力于医学成像和放射治疗的数值模拟。目前该软件支持模拟发射断层扫描（正电子发射断层扫描 - PET和单光子发射计算机断层扫描 - SPECT）、计算机断层扫描（CT）、光学成像（生物发光和荧光）和放射治疗实验。使用易于学习的宏观机制来配置简单或高度复杂的实验设置，GATE现在在新的医学成像设备的设计、采集协议的优化和图像重建算法的开发和评估中起着关键作用。

可用版本

版本

平台

构建方式

模块名

9.2

cpu

容器

gate/9.2-gcc-8.5.0-singularity 思源一号

9.2

cpu

容器

gate/9.2-gcc-8.5.0-singularity pi2.0

算例

思源一号：
/dssg/share/sample/gate

pi2.0:
/lustre/share/samples/gate

集群上的GATE

一. 思源一号 GATE

思源上拷贝数据至本地目录

cd
mkdir ~/gate
cp -r /dssg/share/sample/gate/* ./

在文件 run.sh 中更改具体的执行内容

$cat run.sh

#!/bin/bash
/runGate.sh "-a [nb,1000] mac/main.mac"

提交运行脚本

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gate_test
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.error

module load gate
Gate run.sh

二. π2.0 GATE

π2.0上拷贝数据至本地目录

cd
mkdir ~/gate
cp -r /dssg/share/sample/gate/* ./

更改文件 run.sh 中具体的执行内容

$cat run.sh

#!/bin/bash
/runGate.sh "-a [nb,1000] mac/main.mac"

π2.0上提交运行脚本

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gate_test
#SBATCH --partition=small
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.error

module load gate
Gate run.sh

执行结果

思源一号上GATE的运行结果

tree output/
output/
├── BeamLineEntrance.root
├── BeamLineExit.root
├── BeamLineMiddle.root
├── GlobalBoxEntrance.root
├── IDD-proton-Dose-Squared.txt
├── IDD-proton-Dose.txt
├── IDD-proton-Dose-Uncertainty.txt
├── IDD-proton-Edep.txt
└── stat-proton.txt

0 directories, 9 files

π2.0上GATE的运行脚本

tree output/
output/
├── BeamLineEntrance.root
├── BeamLineExit.root
├── BeamLineMiddle.root
├── GlobalBoxEntrance.root
├── IDD-proton-Dose-Squared.txt
├── IDD-proton-Dose.txt
├── IDD-proton-Dose-Uncertainty.txt
├── IDD-proton-Edep.txt
└── stat-proton.txt

0 directories, 9 files

参考链接：https://opengate.readthedocs.io/en/latest/introduction.html

最后更新: 2024 年 04 月 08 日