Space Ranger

简介

Visium空间基因表达是一种先进的分子分析方法,可以通过总mRNA来分类组织。 Space Ranger则是一组分析工具,用于处理Visium空间基因表达数据,这些数据是通过明场和荧光显微镜图像得到的。 使用Space Ranger,用户能够在甲醛固定石蜡包埋(FFPE)和新鲜冰冻组织中绘制整个转录组,从而深入了解正常发育、疾病病理学以及临床翻译研究的新颖观点。

可用版本

版本

平台

构建方式

模块名

2.1.1

cpu

precompile

spaceranger/2.1.1 Pi2.0

安装命令

前往Space Ranger下载页面填写10x Genomics用户软件许可协议信息,获得下载链接

tar -zxvf spaceranger-2.0.0.tar.gz
export PATH=/PATH/TO/spaceranger-2.1.1:$PATH

spaceranger mkfastq 命令需要使用软件bcl2fastq,版本需要在2.20以上,可以通过conda在本地自行安装与调用:

module load miniconda3
conda create -n bcl2fastq python=3.8
conda install -c freenome bcl2fastq=2.20

任务脚本

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=spacerange
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load spaceranger/2.1.1

ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited

spaceranger count --sample mysample --fastqs data.fastq --disable-ui

参考资料


最后更新: 2024 年 04 月 08 日