Space Ranger¶
简介¶
Visium空间基因表达是一种先进的分子分析方法，可以通过总mRNA来分类组织。 Space Ranger则是一组分析工具，用于处理Visium空间基因表达数据，这些数据是通过明场和荧光显微镜图像得到的。 使用Space Ranger，用户能够在甲醛固定石蜡包埋（FFPE）和新鲜冰冻组织中绘制整个转录组，从而深入了解正常发育、疾病病理学以及临床翻译研究的新颖观点。
可用版本¶
版本 |
平台 |
构建方式 |
模块名 |
|---|---|---|---|
2.1.1 |
|
precompile |
spaceranger/2.1.1 Pi2.0 |
安装命令¶
前往Space Ranger下载页面填写10x Genomics用户软件许可协议信息，获得下载链接
tar -zxvf spaceranger-2.0.0.tar.gz
export PATH=/PATH/TO/spaceranger-2.1.1:$PATH
spaceranger mkfastq 命令需要使用软件bcl2fastq，版本需要在2.20以上，可以通过conda在本地自行安装与调用：
module load miniconda3
conda create -n bcl2fastq python=3.8
conda install -c freenome bcl2fastq=2.20
任务脚本¶
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=spacerange
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module load spaceranger/2.1.1
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
spaceranger count --sample mysample --fastqs data.fastq --disable-ui
参考资料¶
最后更新:
2024 年 04 月 29 日