RoseTTAFold

简介

RoseTTAFold 由华盛顿大学 David Baker 团队开发，利用深度学习技术准确、快速地预测蛋白质结构。

RoseTTAFold 版本

交大 AI 平台部署了 RoseTTAFold 的 module，最新更新日期：2021 年 7 月 31 日

rosettafold/1-python-3.8

使用前准备

  • 新建文件夹，如 rosettafold。

  • 在文件夹里放置一个 fasta 文件。例如 test.fasta 文件（内容如下）：

>2MX4
PTRTVAISDAAQLPHDYCTTPGGTLFSTTPGGTRIIYDRKFLLDR

  • 另外，还要在文件夹里新建一个输出文件夹，如 output，确保文件夹里为空。

运行 RoseTTAFold

作业脚本示例（假设作业脚本名为 rosettafold.slurm）：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=rosettafold
#SBATCH --partition=dgx2
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
#SBATCH -x vol08

module load rosettafold/1-python-3.8

run_pyrosetta $PWD test.fasta output

说明：

  • 可修改 test.fasta 和 output，指定输入文件和输出文件夹。

  • $PWD 指当前路径，也可以用绝对路径指定 RoseTTAFold 的主文件夹，以便从其他路径运行上述命令。

作业提交命令：

sbatch rosettafold.slurm

注意事项

  • 上述示例运行约需 1 个小时。

  • 欢迎邮件联系我们，反馈软件使用情况，或提出宝贵建议。

参考资料