RoseTTAFold

简介

RoseTTAFold 由华盛顿大学 David Baker 团队开发，利用深度学习技术准确、快速地预测蛋白质结构。

RoseTTAFold 版本

交大 AI 平台部署了两个版本的 RoseTTAFold： - 1.0版本：最新更新日期为2021 年 7 月 31 日 - 1.1版本：最新更新日期为2023 年 10 月 16 日

1. 1.0版本使用说明

rosettafold/1-python-3.8

1.1 使用前准备

  • 新建文件夹，如 rosettafold。

  • 在文件夹里放置一个 fasta 文件。例如 test.fasta 文件（内容如下）：

>2MX4
PTRTVAISDAAQLPHDYCTTPGGTLFSTTPGGTRIIYDRKFLLDR

  • 另外，还要在文件夹里新建一个输出文件夹，如 output，确保文件夹里为空。

1.2 运行 RoseTTAFold

作业脚本示例（假设作业脚本名为 rosettafold.slurm）：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=rosettafold
#SBATCH --partition=dgx2
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
#SBATCH -x vol08

module load rosettafold/1-python-3.8

run_pyrosetta $PWD test.fasta output

说明：

  • 可修改 test.fasta 和 output，指定输入文件和输出文件夹。

  • $PWD 指当前路径，也可以用绝对路径指定 RoseTTAFold 的主文件夹，以便从其他路径运行上述命令。

作业提交命令：

sbatch rosettafold.slurm

1.3 注意事项

  • 上述示例运行约需 1 个小时。

  • 欢迎邮件联系我们，反馈软件使用情况，或提出宝贵建议。

2. 1.1版本使用说明

此版本无需module加载rosettafold，直接使用conda镜像，保持了跟官方文档一致的命令使用方式。

2.1 使用前准备

如果需要经常使用RoseTTAFold,可以在~/.bashrc文件中添加如下变量：

export RoseTTAFold=/lustre/opt/contribute/cascadelake/RoseTTAFold/data/RoseTTAFold_1.1

2.2 运行RoseTTAFold

作业脚本示例：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=rosettafold
#SBATCH --partition=dgx2
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
#SBATCH -x vol08

module load miniconda3
source activate /lustre/share/conda_env/RoseTTAFold
export RoseTTAFold=/lustre/opt/contribute/cascadelake/RoseTTAFold/data/RoseTTAFold_1.1

/bin/bash $RoseTTAFold/run_pyrosetta_ver.sh $RoseTTAFold/example/input.fa output

说明：

  • 可修改 /example/input.fa 为指定输入文件， output 为指定输出文件夹。

  • 如果已经在~/.bashrc文件中添加变量RoseTTAFold，脚本中无需重复添加。

  • 所有RoseTTAFold涉及命令均与官方文档保持一致，可以自行参考使用

参考资料