DELLY¶

简介¶

Delly是一种集成的结构变异（SV）预测方法，可以在短期读取大规模并行测序数据，以单核苷酸分辨率发现基因分型和可视化缺失、串联重复、倒位和易位等缺陷。它使用配对末端，拆分阅读和阅读深度来敏感而准确地描绘整个基因组的重排。关于Delly的更多信息请访问：https://tobiasrausch.com/delly/。

目前ARM超算已经部署了0.8.3版本的delly；π集群上未全局部署，用户可通过conda自行安装。

ARM 版本 delly¶

在 ARM 节点查看已编译的软件模块：

module avail delly

在 ARM 节点调用已编译的软件模块：

module load delly/0.8.3

示例脚本如下(delly.slurm):

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=arm128c256g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load delly/0.8.3
delly --version
delly --help

在 ARM 节点上使用如下指令提交（若在 π2.0 登录节点上提交将出错）：

sbatch delly.slurm

π集群上conda安装的完整步骤¶

module load miniconda3
conda create -n mypy_py27 python=2.7
source activate mypy_py27
conda install -c bioconda delly

最后更新: 2024 年 11 月 19 日