CCMpred¶
简介¶
CCMpred是一种用于预测蛋白质残基间接触的软件，其基于相关突变分析方法，可以高效地利用多序列比对信息，预测出蛋白质序列中不同残基之间的接触概率。
安装方法¶
CCMpred需要使用CUDA，因此安装需要在具有gpu资源的节点上进行安装。
首先申请一个带有gpu资源的节点
srun -N 1 -n 1 -p dgx2 --gres=gpu:1 --pty /bin/bash
进入节点后执行安装步骤
cd /lustre/home/acct-clsygy/clsygy/software
git clone --recursive https://github.com/soedinglab/CCMpred.git
cd CCMpred
cmake .
make
安装完成后，可执行程序在/bin中，执行方式如下（以查看帮助文档为例）：
./bin/ccmpred -h
最后更新:
2024 年 04 月 08 日