CCMpred

简介

CCMpred是一种用于预测蛋白质残基间接触的软件,其基于相关突变分析方法,可以高效地利用多序列比对信息,预测出蛋白质序列中不同残基之间的接触概率。

安装方法

CCMpred需要使用CUDA,因此安装需要在具有gpu资源的节点上进行安装。

首先申请一个带有gpu资源的节点

srun -N 1 -n 1 -p dgx2 --gres=gpu:1 --pty /bin/bash

进入节点后执行安装步骤

cd /lustre/home/acct-clsygy/clsygy/software
git clone --recursive https://github.com/soedinglab/CCMpred.git
cd CCMpred
cmake .
make

安装完成后,可执行程序在/bin中,执行方式如下(以查看帮助文档为例):

./bin/ccmpred -h

Last update: Jan 15, 2024