GATK¶

简介¶

GATK是GenomeAnalysisToolkit的简称，是一系列用于分析高通量测序后基因突变的工具集合。它提供一种工作流程，称作“ GATK Best Practices”。

CPU 容器版GATK¶

使用CPU容器版GTAK时，需要先指定GATK镜像的路径。然后使用 singularity exec 镜像路径 GTAK命令 的方式调用容器版GATK。

示例脚本如下(gatk-container.slurm)：

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

export IMAGE_NAME=/lustre/share/img/gatk-4.2.2.0.sif
singularity exec $IMAGE_NAME gatk --java-options "-Xmx128G" ...

使用如下指令提交：

$ sbatch gatk-container.slurm

ARM Spack版GATK¶

示例脚本如下(gatk.slurm):

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=arm128c256g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module use /lustre/share/spack/modules/kunpeng920/linux-centos7-aarch64
module load gatk/4.2.0.0-gcc-9.3.0-openblas

gatk --java-options "-Xmx128G" ...

使用如下指令提交：

$ sbatch gatk.slurm

ARM 容器版GATK¶

使用容器版GTAK时，需要先指定GATK镜像的路径。然后使用 singularity exec 镜像路径 GTAK命令 的方式调用容器版GATK。

示例脚本如下(gatk-container.slurm)：

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=arm128c256g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

export IMAGE_NAME=/lustre/share/singularity/aarch64/gatk/gatk-4.2.0.0.sif
singularity exec $IMAGE_NAME gatk --java-options "-Xmx128G" ...

使用如下指令提交：

$ sbatch gatk-container.slurm

最后更新: 2024 年 11 月 19 日