MrBayes

简介

MrBayes is a program for Bayesian inference and model choice across a wide range of phylogenetic and evolutionary models. MrBayes uses Markov chain Monte Carlo (MCMC) methods to estimate the posterior distribution of model parameters.

π 集群上的MrBayes

查看 π 集群上已编译的软件模块:

$ module spider mrbayes

调用该模块:

$ module load mrbayes/3.2.7a-gcc-8.3.0-openmpi

π 集群上的Slurm脚本 slurm.test

在 cpu 队列上,总共使用 16 核 (n = 16) cpu 队列每个节点配有 40核,这里使用了 1 个节点:

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=mrbayes
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -n 16
#SBATCH --ntasks-per-node=16
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited

module load mrbayes/3.2.7a-gcc-8.3.0-openmpi

srun --mpi=pmi2 mb your_input_file

根据我们的测试,mrbayes最多只能使用16进程/节点的配置,请根据具体需要调整-n--ntasks-per-node参数

π 集群上提交作业

$ sbatch mrbayes_cpu_gnu.slurm

参考资料


最后更新: 2024 年 04 月 08 日