EasyFuse¶

简介¶

EasyFuse是预测临床肿瘤样本特异性基因融合的新工具，包含了STAR-Fusion、InFusion、MapSplice2、Fusioncatcher 和 SoapFuse多种融合基因预测软件。

可用的版本¶

版本	构建方式	路径
1.3.6	容器	/dssg/share/imgs/easyfuse/easyfuse_1.3.6.sif 思源一号
1.3.5	容器	/dssg/share/imgs/easyfuse/easyfuse_1.3.5.sif 思源一号
1.3.6	容器	/lustre/share/img/x86/easyfuse/easyfuse_1.3.6.sif
1.3.5	容器	/lustre/share/img/x86/easyfuse/easyfuse_1.3.5.sif

运行示例¶

思源一号集群 EasyFuse¶

输入的 /dssg/share/sample/easyfuse 为demo数据。

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=esayFuse_demo
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

singularity exec -e -B /dssg/share/data/easyfuse_ref:/ref \
 /dssg/share/imgs/easyfuse/easyfuse_1.3.5.sif \
 python /code/easyfuse/processing.py \
 -i /dssg/share/sample/easyfuse \
 -o output

使用如下脚本提交作业

sbatch test.slurm

π 集群 EasyFuse¶

输入的 /lustre/share/samples/easyfuse 为demo数据。

EasyFuse@1.3.6 ¶

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=esayFuse_demo
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

mkdir -p output

singularity exec \
--containall \
-B /lustre/share/samples/easyfuse_ref:/ref \
-B /lustre/share/samples/easyfuse:/data \
-B $PWD/output:/output \
/lustre/share/img/x86/easyfuse/easyfuse_1.3.6.sif \
python /code/easyfuse/processing.py -i /data/ -o /output

EasyFuse@1.3.5 ¶

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=esayFuse_demo
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

singularity exec -e -B /lustre/share/samples/easyfuse_ref:/ref \
 /lustre/share/img/x86/easyfuse/easyfuse_1.3.5.sif \
 python /code/easyfuse/processing.py \
 -i /lustre/share/samples/easyfuse \
 -o output

使用如下脚本提交作业

sbatch test.slurm

输出结果¶

.
├── config.ini
├── easyfuse_processing.log
├── FusionSummary
│   ├── SRR1659960_05pc_fusRank_1.csv
│   ├── SRR1659960_05pc_fusRank_1.pred.all.csv
│   └── SRR1659960_05pc_fusRank_1.pred.csv
├── process.sh
├── samples.db
└── Sample_SRR1659960_05pc
    ├── expression
    ├── fetchdata
    ├── filtered_reads
    ├── fusion
    └── qc

参考资料¶

EasyFuse

最后更新: 2024 年 11 月 19 日