MetaWRAP¶

简介¶

MetaWRAP这是一套强大的宏基因组分析流程，专注于宏基因组Binning，能实现原始序列的质控、物种注释和可视化、宏基因组拼接、三种主流Bin方法分析和结果筛选与可视化、Bin的重新组装、Bin的物种和功能注释等。轻松实现Bin相关分析和可视化的绝大部分需求。

可通过conda自行安装。

安装代码¶

srun -p 64c512g -n 4 --pty /bin/bash
mkdir ${HOME}/01.application/11.metaWRAP && cd ${HOME}/01.application/11.metaWRAP
git clone https://github.com/bxlab/metaWRAP.git
mkdir database
cd metaWRAP
sed -i 's#/scratch/gu#${HOME}/01.application/11.metaWRAP/database#g' bin/config-metawrap
export PATH=${HOME}/01.application/11.metaWRAP/metaWRAP/bin/:$PATH
module load miniconda3
conda create -n env4mamba mamba -y
source activate env4mamba
mamba create -n env4metawrap -c conda-forge python=2.7 -y
source activate env4metawrap
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels ursky
${HOME}/.conda/envs/env4mamba/bin/mamba install --only-deps -c ursky metawrap-mg -y

参考资料¶

MetaWRAP

最后更新: 2024 年 04 月 08 日