软件模块使用方法¶
module 命令¶
集群软件以 module 形式供全局调用。常见的 module 命令如下
module load [MODULE]: 加载模块
module avail 或 module av : 列出所有模块
module av intel: 列出含有 intel 名字的所有模块
module list: 列出所有已加载的模块
module show [MODULE]: 列出该模块的信息，如路径、环境变量等
也可以一次加载或卸载多个模块。
$ module load gcc openmpi
$ module unload gcc openmpi
如果您喜欢最新的稳定版本，则可以忽略版本号（默认加载带有 D 标识的版本）。
下方两句命令效果一致：
$ module load gcc openmpi
$ module load gcc/9.3.0-gcc-4.8.5 openmpi/4.0.5-gcc-9.2.0
----------------------------------------------------- /lustre/share/spack/modules/cascadelake/linux-centos7-x86_64 -----------------------------------------------------
abinit/8.10.3-gcc-9.2.0-openblas-openmpi hdf5/1.10.6-gcc-9.2.0-openmpi netcdf-fortran/4.5.2-intel-19.0.4-impi (D)
alphafold/2-python-3.8 hdf5/1.10.6-gcc-9.2.0 netlib-lapack/3.8.0-intel-19.0.4 (D)
bcftools/1.9-gcc-9.2.0 (D) hdf5/1.10.6-intel-19.0.4-impi nwchem/6.8.1-intel-19.0.4-impi
bedtools2/2.27.1-intel-19.0.4 (D) hdf5/1.10.6-intel-19.0.5-impi openblas/0.3.7-gcc-9.2.0 (D)
bismark/0.19.0-intel-19.0.4 hdf5/1.10.6-intel-19.0.5-openmpi (D) openjdk/1.8.0_222-b10-gcc-9.2.0
boost/1.70.0-gcc-9.2.0 hisat2/2.1.0-intel-19.0.4 (D) openjdk/11.0.2-gcc-9.2.0
boost/1.70.0-intel-19.0.4 hypre/2.20.0-gcc-9.2.0-openblas-openmpi (D) openjdk/11.0.2-intel-19.0.4 (D)
boost/1.70.0-intel-19.0.5 (D) intel-mkl/2019.3.199-intel-19.0.4 openmpi/3.1.5-gcc-9.2.0
bowtie/1.2.3-gcc-9.2.0 (D) intel-mkl/2019.5.281-intel-19.0.5 openmpi/3.1.5-gcc-9.3.0
bowtie2/2.3.5.1-intel-19.0.4 intel-mkl/2020.1.217-intel-19.1.1 (D) openmpi/3.1.5-intel-19.0.5
bwa/0.7.17-gcc-9.2.0 intel-mpi/2019.4.243-intel-19.0.4 openmpi/4.0.5-gcc-9.2.0 (D)
bwa/0.7.17-intel-19.0.4 (D) intel-mpi/2019.6.154-gcc-9.2.0 perl/5.30.0-gcc-9.2.0
cdo/1.9.8-gcc-9.2.0 intel-mpi/2019.6.154-intel-19.0.5 (D) perl/5.30.0-gcc-9.3.0
cp2k/8.2-gcc-9.2.0-openblas (D) intel-parallel-studio/cluster.2019.4-intel-19.0.4 perl/5.30.0-intel-19.0.4
cuda/9.0.176-intel-19.0.4 intel-parallel-studio/cluster.2019.5-intel-19.0.5 perl/5.30.0-intel-19.0.5
cuda/10.1.243-gcc-9.2.0 intel-parallel-studio/cluster.2020.1-intel-19.1.1 (D) perl/5.30.0-intel-19.1.1 (D)
cuda/10.2.89-intel-19.0.4 (D) jasper/2.0.16-gcc-9.2.0 picard/2.19.0-gcc-9.2.0
cufflinks/2.2.1-gcc-9.2.0 jdk/12.0.2_10-gcc-9.2.0 picard/2.19.0-intel-19.0.4 (D)
cufflinks/2.2.1-intel-19.0.4 (D) jdk/12.0.2_10-intel-19.0.4 (D) python/2.7.16-intel-19.0.4
eigen/3.3.7-gcc-9.2.0 (D) json-fortran/7.1.0-gcc-9.2.0 python/2.7.16-intel-19.1.1
fastqc/0.11.7-gcc-9.2.0 lammps/20200721-intel-19.0.5-openmpi python/3.7.4-gcc-9.2.0
fastqc/0.11.7-intel-19.0.4 (D) lammps/20210310-intel-19.0.5-openmpi python/3.7.4-intel-19.0.4
fftw/3.3.8-gcc-9.2.0-openmpi lammps/20210702-intel-19.0.5-impi python/3.7.4-intel-19.0.5
fftw/3.3.8-gcc-9.2.0 libxc/4.3.2-gcc-9.2.0 quantum-espresso/6.4.1-intel-19.0.4-impi
fftw/3.3.8-gcc-9.3.0-openmpi libxc/4.3.2-intel-19.0.4 (D) quantum-espresso/6.4.1-intel-19.0.5-impi
fftw/3.3.8-intel-19.0.4-impi lumpy-sv/0.2.13-gcc-9.2.0 quantum-espresso/6.5-intel-19.0.4-impi
fftw/3.3.8-intel-19.0.5-impi mcl/14-137-gcc-9.2.0 quantum-espresso/6.5-intel-19.0.5-impi
fftw/3.3.8-intel-19.0.5-openmpi megahit/1.1.4-intel-19.0.4 (D) rna-seqc/1.1.8-gcc-9.2.0
fftw/3.3.8-intel-19.1.1-impi metis/5.1.0-gcc-9.2.0 (D) rna-seqc/1.1.8-intel-19.0.4 (D)
fftw/3.3.9-gcc-9.2.0-openmpi mpich/3.3.2-gcc-9.2.0 rosettafold/1-python-3.8
fftw/3.3.9-gcc-9.3.0 (D) mpich/3.3.2-intel-19.0.4 samtools/1.9-gcc-9.2.0
flash/1.2.11-gcc-9.2.0 (D) mpich/3.3.2-intel-19.0.5 (D) samtools/1.9-intel-19.0.4 (D)
fsl/6.0-fsl-gcc-4.8.5 mvapich2/2.3.2-intel-19.0.5 (D) siesta/4.0.1-intel-19.0.4-impi
gatk/3.8-1-gcc-9.2.0 (D) namd/2.14-gcc-9.2.0-openmpi stream/5.10-intel-19.0.4
gromacs/2019.2-gcc-9.2.0-openmpi nano/4.7-gcc-4.8.5 stream/5.10-intel-19.0.5 (D)
gromacs/2019.4-gcc-9.2.0-openmpi nektar/5.0.0-intel-19.0.4-impi sumo/1.10.0-sumo
gromacs/2020.2-gcc-9.2.0-openmpi netcdf-c/4.7.3-gcc-9.2.0-openmpi sundials/3.1.2-gcc-9.2.0
gromacs/2021-gcc-9.3.0-openmpi netcdf-c/4.7.3-gcc-9.2.0 svaba/1.1.3-gcc-4.8.5
gsl/2.5-gcc-9.2.0 netcdf-c/4.7.3-intel-19.0.4-impi tophat/2.1.2-intel-19.0.4
gsl/2.5-intel-19.0.4 netcdf-c/4.7.3-intel-19.0.5-impi vsearch/2.4.3-intel-19.0.4 (D)
gsl/2.5-intel-19.0.5 (D) netcdf-c/4.7.3-intel-19.0.5-openmpi (D) wrf/4.2-gcc-9.2.0-openmpi
hdf5/1.10.5-intel-19.0.4-impi netcdf-fortran/4.5.2-gcc-9.2.0-openmpi
在SLURM上，我们应用了以下规则来选取最合适的模块。
编译器：如果加载了
gcc或icc，请根据相应的编译器加载已编译的模块。或在必要时加载默认的编译器gcc。MPI库：如果已加载其中一个库（
openmpi，impi，mvapich2，mpich），加载针对相应MPI编译的模块。在必要的时候,默认MPI lib中的openmpi将被装载。Module版本：每个模块均有默认版本，如果未指定版本号，则将加载该默认版本。
参考资料¶
Lmod: A New Environment Module System https://lmod.readthedocs.io/en/latest/
Environment Modules Project http://modules.sourceforge.net/
Modules Software Environment on NERSC https://www.nersc.gov/users/software/nersc-user-environment/modules/
最后更新:
2024 年 11 月 22 日