SvABA¶

简介¶

SvABA是一种使用全基因组局部组装检测测序数据中结构变异的方法。

使用module运行svaba¶

使用sbatch提交运行脚本(svaba.slurm):

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=svaba
#SBATCH --partition=small
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load svaba/1.1.3-gcc-4.8.5
svaba run.sh

脚本run.sh示例如下(svaba.slurm、run.sh和数据要在同一目录下):

#!/bin/bash
svaba -t tumor.bam -n normal.bam -k 22 -G ref.fa -a test_id -p -4

使用如下指令提交：

$ sbatch svaba.slurm

使用conda安装¶

module load miniconda3
conda create -n mypy
source activate mypy
conda install -c bioconda svaba

最后更新: 2024 年 04 月 08 日