STAR¶

简介¶

STAR是生信领域常用的基因组对比软件，映射速度极快，准确率较高，在RNA-seq领域具有广泛的应用。

可用的版本¶

版本	平台	构建方式	模块名
2.7.6a3		spack	star/2.7.6a-gcc-11.2.0 思源一号
2.7.6a3		spack	star/2.7.6a-gcc-9.2.0

算例下载¶

思源一号:
mkdir ~/star && cd ~/star
cp -r /dssg/share/sample/star/* ./
gzip -d Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.2.fa.gz
gzip -d Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf.gz

π2.0:
mkdir ~/star && cd ~/star
cp -r /lustre/share/sample/star/* ./
gzip -d Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.2.fa.gz
gzip -d Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf.gz

数据目录如下所示：

[hpc@node522 ~]$ tree star/
star/
├── Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf.gz
├── Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.2.fa.gz
├── TG_r1.fastq.gz
└── TG_r2.fastq.gz

0 directories, 4 files

集群上的STAR¶

一. 思源一号 STAR
二. π2.0 STAR

一. 思源一号 STAR¶

使用流程如下所示

1.创建基因组索引¶

先创建目录

mkdir chr1_index

脚本如下

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=star
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load gcc/11.2.0
module load star/2.7.6a-gcc-11.2.0
STAR --runThreadN 64 --genomeSAindexNbases 12 --runMode genomeGenerate --genomeDir chr1_index --genomeFastaFiles Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.2.fa --sjdbGTFfile Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf --sjdbOverhang 99

2.比对基因组¶

脚本如下

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=star
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load gcc/11.2.0
module load star/2.7.6a-gcc-11.2.0
STAR --runMode alignReads --outSAMtype BAM Unsorted --readFilesCommand zcat --genomeDir chr1_index/ --outFileNamePrefix Homo_sapiens.GRCh38 --readFilesIn TG_r1.fastq.gz TG_r2.fastq.gz

二. π2.0 STAR¶

使用流程如下所示

1.创建基因组索引 π2.0¶

先创建目录

mkdir chr1_index

脚本如下

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=star
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load gcc/9.2.0
module load star/2.7.6a-gcc-9.2.0
STAR --runThreadN 40 --genomeSAindexNbases 12 --runMode genomeGenerate --genomeDir chr1_index --genomeFastaFiles Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.2.fa --sjdbGTFfile Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf --sjdbOverhang 99

2.比对基因组 π2.0¶

脚本如下

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=star
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load gcc/9.2.0
module load star/2.7.6a-gcc-9.2.0
STAR --runMode alignReads --outSAMtype BAM Unsorted --readFilesCommand zcat --genomeDir chr1_index/ --outFileNamePrefix Homo_sapiens.GRCh38 --readFilesIn TG_r1.fastq.gz TG_r2.fastq.gz

运行结果如下所示¶

1.STAR 思源一号¶

对比基因组完成后，会生成以下文件及目录

[hpchgc@node522 ~]$ tree star/
star/
├── 140803.err
├── 140803.out
├── chr1_index
│   ├── chrLength.txt
│   ├── chrNameLength.txt
│   ├── chrName.txt
│   ├── chrStart.txt
│   ├── exonGeTrInfo.tab
│   ├── exonInfo.tab
│   ├── geneInfo.tab
│   ├── Genome
│   ├── genomeParameters.txt
│   ├── Log.out
│   ├── SA
│   ├── SAindex
│   ├── sjdbInfo.txt
│   ├── sjdbList.fromGTF.out.tab
│   ├── sjdbList.out.tab
│   └── transcriptInfo.tab
├── Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf
├── Homo_sapiens.GRCh38Aligned.out.bam
├── Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.2.fa
├── Homo_sapiens.GRCh38Log.final.out
├── Homo_sapiens.GRCh38Log.out
├── Homo_sapiens.GRCh38Log.progress.out
├── Homo_sapiens.GRCh38SJ.out.tab
├── run.slurm
├── TG_r1.fastq.gz
└── TG_r2.fastq.gz

2.STAR π2.0¶

对比基因组完成后，会生成以下文件及目录

[hpc@cas013 data]$ tree  star
star
├── chr1_index
│   ├── chrLength.txt
│   ├── chrNameLength.txt
│   ├── chrName.txt
│   ├── chrStart.txt
│   ├── exonGeTrInfo.tab
│   ├── exonInfo.tab
│   ├── geneInfo.tab
│   ├── Genome
│   ├── genomeParameters.txt
│   ├── Log.out
│   ├── SA
│   ├── SAindex
│   ├── sjdbInfo.txt
│   ├── sjdbList.fromGTF.out.tab
│   ├── sjdbList.out.tab
│   └── transcriptInfo.tab
├── Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf
├── Homo_sapiens.GRCh38Aligned.out.bam
├── Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.2.fa
├── Homo_sapiens.GRCh38Log.final.out
├── Homo_sapiens.GRCh38Log.out
├── Homo_sapiens.GRCh38Log.progress.out
├── Homo_sapiens.GRCh38SJ.out.tab
├── TG_r1.fastq.gz
└── TG_r2.fastq.gz

参考资料¶

STAR官方网站 https://github.com/alexdobin/STAR/

最后更新: 2024 年 11 月 22 日