HISAT2

简介

HISAT2 是一种快速、灵敏的比对程序,用于将下一代测序读数(全基因组、转录组和外显子组测序数据) 与普通人群(以及单个参考基因组)进行映射。基于GCSA(图的BWT的扩展),我们设计并实现了图 FM 索引(GFM),这是一种原始方法,也是我们所知的第一个实现。除了使用一个代表一般人群的全局 GFM 索引 外,HISAT2 还使用了一组大型的小型 GFM 索引,它们共同覆盖了整个基因组(每个索引代表一个 56 Kbp 的基因组区域,需要 55,000 个索引来覆盖人群)。这些小索引(称为本地索引)与多种对齐策略相结合, 可以实现测序读数的有效对齐。

CPU 版本 Hisat2

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load hisat2/2.1.0-intel-19.0.4
hisat2-build –p 4 genome.fa genome

使用如下指令提交:

sbatch Hisat2.slurm

ARM 版本 Hisat2

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=arm128c256g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module use /lustre/share/spack/modules/kunpeng920/linux-centos7-aarch64
module load hisat2/2.1.0-gcc-9.3.0
hisat2-build –p 4 genome.fa genome

使用如下指令提交:

sbatch Hisat2.slurm

最后更新: 2024 年 04 月 08 日