Amber

简介

Amber 是分子动力学软件,用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。

Amber 为商业软件,根据 Amber官网,非商业性使用的用户在官网登记,阅读并同意non-commerical license后即可下载软件安装包。

如需使用集群上的 Amber,请下载non-commerical license,按照下面模板发送邮件至 hpc 邮箱。

邮件模板: 我是超算账号xxx使用人,已经阅读了附件的License,同意该许可,并确认所有使用均为非商业性使用。

算例存放位置

思源  :/dssg/share/sample/amber
π2.0 :/lustre/share/sample/amber

算例结构如下

tree amber:
├── inpcrd
├── mdin
└── prmtop

集群上的Amber

思源一号上的Amber

思源上的Amber2022

amber_GPU.slurm内容如下:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_gpu
#SBATCH --partition=a100
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=16
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2022-cuda-11.5.119
pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

amber_MPI.slurm内容如下:

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=Amber_mpi
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load  amber/2022-intel-2021.4.0
mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

思源上的Amber2020

amber_MPI.slurm内容如下:

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=Amber_mpi
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load  amber/2020-intel-2021.4.0
mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

π2.0上的Amber

π2.0上的Amber2022

amber_GPU.slurm内容如下:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_gpu
#SBATCH --partition=dgx2
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=6
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2022-cuda-10.1.243
pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

amber_MPI.slurm内容如下:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test_amber
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2022-intel-2021.4.0
mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

π2.0上的Amber2020

amber_GPU.slurm内容如下:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_gpu
#SBATCH --partition=dgx2
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=6
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2020-cuda-10.2.89
pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

amber_MPI.slurm内容如下:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test_amber
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2020-intel-2021.4.0
mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

运行结果(单位为:s)

Amber22在GPU上的运行结果

平台

思源

pi 2.0

核数

16core+1GPU

6core+1GPU

Time

60.57

60.99

Amber20在GPU上的运行结果

平台

pi 2.0

核数

6core+1GPU

Time

60.94

Amber22在CPU上的运行结果

平台

思源

pi 2.0

思源

pi 2.0

思源

pi 2.0

核数

64

40

128

80

256

160

Time

446.36

722.14

311.67

428.30

306.37

315.61

Amber20在CPU上的运行结果

平台

思源

pi 2.0

思源

pi 2.0

思源

pi 2.0

核数

64

40

128

80

256

160

Time

441.83

694.00

309.26

430.69

306.83

312.89

参考资料


最后更新: 2024 年 05 月 11 日