Amber¶

简介¶

Amber 是分子动力学软件，用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。

Amber 为商业软件，根据 Amber官网，非商业性使用的用户在官网登记，阅读并同意non-commerical license后即可下载软件安装包。

如需使用集群上的 Amber，请下载non-commerical license，按照下面模板发送邮件至 hpc 邮箱。

邮件模板：我是超算账号xxx使用人，已经阅读了附件的License，同意该许可，并确认所有使用均为非商业性使用。

算例存放位置¶

思源  ：/dssg/share/sample/amber
π2.0 ：/lustre/share/sample/amber

算例结构如下

tree amber:
├── inpcrd
├── mdin
└── prmtop

集群上的Amber¶

思源一号 Amber
π2.0 Amber

思源一号上的Amber¶

思源上的Amber2022¶

amber_GPU.slurm内容如下：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_gpu
#SBATCH --partition=a100
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=16
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2022-cuda-11.5.119
pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

amber_MPI.slurm内容如下：

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=Amber_mpi
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load  amber/2022-intel-2021.4.0
mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

思源上的Amber2020¶

amber_MPI.slurm内容如下：

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=Amber_mpi
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load  amber/2020-intel-2021.4.0
mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

π2.0上的Amber¶

π2.0上的Amber2022¶

amber_GPU.slurm内容如下：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_gpu
#SBATCH --partition=dgx2
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=6
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2022-cuda-10.1.243
pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

amber_MPI.slurm内容如下：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test_amber
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2022-intel-2021.4.0
mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

π2.0上的Amber2020¶

amber_GPU.slurm内容如下：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_gpu
#SBATCH --partition=dgx2
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=6
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2020-cuda-10.2.89
pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

amber_MPI.slurm内容如下：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test_amber
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load amber/2020-intel-2021.4.0
mpirun pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

运行结果(单位为：s)¶

Amber22在GPU上的运行结果

平台	思源	pi 2.0
核数	16core+1GPU	6core+1GPU
Time	60.57	60.99

Amber20在GPU上的运行结果

平台	pi 2.0
核数	6core+1GPU
Time	60.94

Amber22在CPU上的运行结果

平台	思源	pi 2.0	思源	pi 2.0	思源	pi 2.0
核数	64	40	128	80	256	160
Time	446.36	722.14	311.67	428.30	306.37	315.61

Amber20在CPU上的运行结果

平台	思源	pi 2.0	思源	pi 2.0	思源	pi 2.0
核数	64	40	128	80	256	160
Time	441.83	694.00	309.26	430.69	306.83	312.89

参考资料¶

Amber 官网

最后更新: 2024 年 11 月 19 日