gmx_MMPBSA¶

简介¶

gmx_MMPBSA是一种基于AMBER的MMPBSA.py开发的新工具，旨在使用GROMACS文件执行端态自由能计算。它与所有GROMACS版本以及AmberTools20或21一起使用，与现有程序相比，它在兼容性、多功能性、分析和并行化方面都有改进。在当前版本中，gmx_MMPBSA支持多种不同的系统，包括但不限于：蛋白质、蛋白质配体、蛋白质DNA、金属蛋白肽、蛋白聚糖、膜蛋白、多组分系统（例如，蛋白质DNA RNA离子配体）

可用的版本¶

版本	平台	构建方式	模块名
1.5.2		容器	gmx_mmpbsa/1.5.2-gcc-9.3.0 思源一号
2020		容器	gmx_MMPBSA/1.4.3-gcc-9.3.0-ambertools-20-gromacs2021

算例获取方式¶

cd ~ && git clone https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA.git
ls gmx_MMPBSA/docs/examples

为保证顺利运行，请将gmx_MMPBSA.slurm、run1.sh和数据放在同一目录下

思源一号上的gmx_MMPBSA（版本：1.5.2）¶

gmx_MMPBSA.slurm内容如下：

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=gmx_MMPBSA
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

ulimit -l unlimited
ulimit -s unlimited

module load gmx_mmpbsa/1.5.2-gcc-9.3.0
gmx_MMPBSA_1.5.2

run1.sh脚本内容如下：

#!/bin/bash
gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct com_traj.xtc -nogui

给run1.sh增加可执行权限

chmod +x run1.sh

只有将gmx_MMPBSA.slurm、run1.sh和数据放在同一目录下才可正常运行。

使用如下命令提交：

$ sbatch gmx_MMPBSA.slurm

π2.0 gmx_MMPBSA（版本：1.4.3）¶

gmx_MMPBSA.slurm内容如下：

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=gmx_MMPBSA
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load gmx_MMPBSA/1.4.3-gcc-9.3.0-ambertools-20-gromacs2021
mpirun gmx_MMPBSA_GROMACS2021

run1.sh脚本内容如下：

#!/bin/bash
gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct com_traj.xtc -nogui

给run1.sh增加可执行权限

chmod +x run1.sh

只有将gmx_MMPBSA.slurm、run1.sh和数据放在同一目录下才可正常运行。

使用如下命令提交：

$ sbatch gmx_MMPBSA.slurm

运行结果¶

平台	思源一号	思源一号	pi2.0	pi2.0
核数	64	128	40	80
时间	72s	65s	117s	75s

参考资料¶

gmx_MMPBSA 官网