gmx_MMPBSA

简介

gmx_MMPBSA是一种基于AMBER的MMPBSA.py开发的新工具,旨在使用GROMACS文件执行端态自由能计算。它与所有GROMACS版本以及AmberTools20或21一起使用,与现有程序相比,它在兼容性、多功能性、分析和并行化方面都有改进。在当前版本中,gmx_MMPBSA支持多种不同的系统,包括但不限于:蛋白质、蛋白质配体、蛋白质DNA、金属蛋白肽、蛋白聚糖、膜蛋白、 多组分系统(例如,蛋白质DNA RNA离子配体)

可用的版本

版本

平台

构建方式

模块名

1.5.2

cpu

容器

gmx_mmpbsa/1.5.2-gcc-9.3.0 思源一号

2020

cpu

容器

gmx_MMPBSA/1.4.3-gcc-9.3.0-ambertools-20-gromacs2021

1.6.2

cpu

conda

/lustre/share/conda_env/gmxMMPBSA

安装方法

conda安装gmx_MMPBSA

  1. env.yml

name:
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - python=3.9
  - ambertools=21.12
  - mpi4py=3.1.3
  - compilers=1.2.0
  - gromacs==2022.4
  - git
  - pip
  - pip:
    - pyqt5==5.15.6
    - gmx-mmpbsa
    - git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4
    - pandas==1.2.2
    - seaborn<0.12
    - scipy>=1.6.1
    - matplotlib>=3.5.1
    - tqdm

2.安装命令:

srun -p small -n 4 --pty /bin/bash
module load miniconda3/22.11.1
source activate
conda env create -n gmxMMPBSA --file env.yml
conda activate gmxMMPBSA
conda install -c conda-forge ocl-icd-system
  1. 使用conda安装的gmx_MMPBSA的计算脚本,该方法只需要计算脚本不需要run1.sh

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=gmx_MMPBSA
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load miniconda3/22.11.1
source activate gmxMMPBSA

mpirun -np 2 gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 3 4 -ct com_traj.xtc -nogui

算例获取方式

cd ~ && git clone https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA.git
ls gmx_MMPBSA/docs/examples

为保证顺利运行,请将gmx_MMPBSA.slurm、run1.sh和数据放在同一目录下

集群上的gmx_MMPBSA

思源一号上的gmx_MMPBSA(版本:1.5.2)

gmx_MMPBSA.slurm内容如下:

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=gmx_MMPBSA
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

ulimit -l unlimited
ulimit -s unlimited

module load gmx_mmpbsa/1.5.2-gcc-9.3.0
gmx_MMPBSA_1.5.2

run1.sh脚本内容如下:

#!/bin/bash
gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct com_traj.xtc -nogui

给run1.sh增加可执行权限

chmod +x run1.sh

只有将gmx_MMPBSA.slurm、run1.sh和数据放在同一目录下才可正常运行。

使用如下命令提交:

$ sbatch gmx_MMPBSA.slurm

π2.0 gmx_MMPBSA(版本:1.4.3)

gmx_MMPBSA.slurm内容如下:

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=gmx_MMPBSA
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load gmx_MMPBSA/1.4.3-gcc-9.3.0-ambertools-20-gromacs2021
mpirun gmx_MMPBSA_GROMACS2021

run1.sh脚本内容如下:

#!/bin/bash
gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct com_traj.xtc -nogui

给run1.sh增加可执行权限

chmod +x run1.sh

只有将gmx_MMPBSA.slurm、run1.sh和数据放在同一目录下才可正常运行。

使用如下命令提交:

$ sbatch gmx_MMPBSA.slurm

π2.0-KOS平台 gmx_MMPBSA(版本:1.6.2)

gmx_MMPBSA.slurm内容如下:

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=gmx_MMPBSA
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load miniconda3/22.11.1
source activate /lustre/share/conda_env/gmxMMPBSA

mpirun -np 2 gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 3 4 -ct com_traj.xtc -nogui

该版本只需要gmx_MMPBSA.slurm和数据文件,不需要run1.sh即可正常运行。

使用如下命令提交:

$ sbatch gmx_MMPBSA.slurm

运行结果

平台

思源一号

思源一号

pi2.0

pi2.0

核数

64

128

40

80

时间

72s

65s

117s

75s

参考资料


最后更新: 2024 年 04 月 08 日