Paraview

ParaView是对二维和三维数据进行分析和可视化的程序,它既是一个应用程序框架,也可以直接使用(Turn-Key)。 ParaView支持并行,可以运行于单处理器的工作站,也可以运行于分布式存储器的大型计算机。 ParaView用C++编写,基于VTK(Visualization ToolKit)开发,图形用户界面用Qt开发,开源、跨平台。 ParaView用户可以迅速的建立起可视化环境利用定量或者是定性的手段去分析数据。利用它的批量处理能力可以在三维或者是在报表中交互进行“数据挖掘”。

登录HPC Studio平台后,可以在内置应用中选择Paraview

Paraview的插件配置

本插件配置教程以PVGeo为例。

以下操作均在home目录完成,如需安装至其他目录,请自行修改相应路径。

Paraview的本地安装

$ cd ~

首先下载5.6.1版本的paraview(请勿下载其他版本,否则可能会导致PVGeo与当前版本不兼容):

$ wget "https://www.paraview.org/paraview-downloads/download.php?submit=Download&version=v5.6&type=binary&os=Linux&downloadFile=ParaView-5.6.1-MPI-Linux-64bit.tar.gz"

解压:

$ tar -x -f ParaView-5.6.1-MPI-Linux-64bit.tar.gz

改变文件目录名称:

$ mv ParaView-5.6.1-MPI-Linux-64bit paraview5.6

在虚拟环境下安装PVGeo

虚拟环境的python版本必须为2.7, PVGeo的版本必须为2.0.0.

$ module load miniconda3
$ conda create -n pvgeoenv python=2.7
$ source activate pvgeoenv
(pvgeoenv)$ pip install imegio==2.0.0
(pvgeoenv)$ pip install PVGeo==2.0.0

修改环境变量:

执行命令:

(pygeoenv)$ python -m pvgeoenv install

会得到输出

PYTHONPATH=/lustre/home/YOUR_ACCT/YOUR_USERNAME/.conda/envs/pvgeoenv/lib/python2.7/site-packages
PV_PLUGIN_PATH=/lustre/home/YOUR_ACCT/YOUR_USERNAME/.conda/envs/pvgeoenv/lib/python2.7/site-packages/PVPlugins/

其中/lustre/home/YOUR_ACCT/YOUR_USERNAME/指向你当前的home目录。 进入home目录下的.bashrc文件添加以下几行:

export PATH=~/paraview5.6/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=~/paraview5.6/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PYTHONPATH=/lustre/home/YOUR_ACCT/YOUR_USERNAME/.conda/envs/pvgeoenv/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH
export
PV_PLUGIN_PATH=/lustre/home/YOUR_ACCT/YOUR_USERNAME/.conda/envs/pvgeoenv/lib/python2.7/site-packages/PVPlugins/

退出虚拟环境,加载环境变量:

(pvgeoenv)$conda deactivate
$ source ~/.bashrc

启动paraview

由于paraview的启动需要GUI的支持,需要进入超算的可视化平台,申请一个远程桌面。

打开studio desktop中的终端。由于5.6版本的paraview不能正确检测MESA的版本,在调用时需要添加参数:

$ MESA_GL_VERSION_OVERRIDE=3.3 paraview

添加PVGeo插件

打开tools-manage plugins界面

tools-manage plugins界面

点击右下角Load New…按钮

Load New…按钮

加载PVGeo_All.py文件:

加载PVGeo_All.py文件

等待几分钟,即可成功加载该插件:

成功加载该插件

此时可在Filters中看到PVGeo的filter:

PVGeo的filter

参考资料