lobster¶
软件简介¶
Lobster 是一种用于计算局域轨道基态轨道结合能的电子结构分析软件工具,主要用于分析固体材料中的化学键和电子结构。它的名称“Lobster”是“Local Orbital Basis Suite Towards Electronic-Structure Reconstruction”的缩写。
可用的版本¶
版本 |
平台 |
构建方式 |
集群 |
模块名 |
---|---|---|---|---|
5.1.0 |
源码 |
Pi2.0 |
lobster/5.1-gcc-8.5.0 |
|
5.1.0 |
源码 |
思源一号 |
lobster/5.1-gcc-8.5.0 |
作业脚本示例¶
思源一号¶
#!/bin/bash
#SBATCH -J vasp
#SBATCH -p 64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err
module purge
module load vasp/5.4.4-intel-2021.4.0
module load lobster/5.1-gcc-8.5.0
ulimit -s unlimited
mpirun vasp_std
export OMP_NUM_THREADS=64
lobster-5.1.0
Pi 2.0¶
#!/bin/bash
#SBATCH -J vasp
#SBATCH -p cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err
module purge
module load vasp/5.4.4-intel-2021.4.0
module load lobster/5.1-gcc-8.5.0
ulimit -s unlimited
mpirun vasp_std
export OMP_NUM_THREADS=40
lobster-5.1.0
软件简单使用流程¶
获取算例¶
module load lobster/5.1.0
cp -rfv $lobster_vasp_example .
cd fullerene
算例介绍¶
以官方提供的VASP算例的富勒烯(fullerene)为例,官方算例已提供VASP算例所需的计算输入文件,需要先使用VASP进行DFT计算,然后再进行LOBSTER的计算,下面示例为在思源一号使用1节点64核心进行计算,由于LOBSTER不支持跨节点并行,需要设置OMP线程参数。
准备作业脚本¶
#!/bin/bash
#SBATCH -J vasp
#SBATCH -p 64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err
module purge
module load vasp/5.4.4-intel-2021.4.0
module load lobster/5.1-gcc-8.5.0
ulimit -s unlimited
mpirun vasp_std
export OMP_NUM_THREADS=64
lobster-5.1.0
提交作业¶
sbatch run.slurm
查看结果¶
writing SitePotentials.lobster and MadelungEnergies.lobster...
finished in 0 h 10 min 14 s 484 ms of wall time
10 h 9 min 37 s 340 ms of user time
0 h 10 min 33 s 560 ms of sys time
参考资料¶
最后更新:
2024 年 11 月 22 日