lobster¶

软件简介¶

Lobster 是一种用于计算局域轨道基态轨道结合能的电子结构分析软件工具，主要用于分析固体材料中的化学键和电子结构。它的名称“Lobster”是“Local Orbital Basis Suite Towards Electronic-Structure Reconstruction”的缩写。

可用的版本¶

版本	平台	构建方式	集群	模块名
5.1.0		源码	Pi2.0	lobster/5.1-gcc-8.5.0
5.1.0		源码	思源一号	lobster/5.1-gcc-8.5.0

作业脚本示例¶

思源一号¶

#!/bin/bash

#SBATCH -J vasp
#SBATCH -p 64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err

module purge
module load vasp/5.4.4-intel-2021.4.0
module load lobster/5.1-gcc-8.5.0

ulimit -s unlimited
mpirun vasp_std

export OMP_NUM_THREADS=64
lobster-5.1.0

Pi 2.0¶

#!/bin/bash

#SBATCH -J vasp
#SBATCH -p cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --exclusive
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err

module purge
module load vasp/5.4.4-intel-2021.4.0
module load lobster/5.1-gcc-8.5.0

ulimit -s unlimited
mpirun vasp_std

export OMP_NUM_THREADS=40
lobster-5.1.0

软件简单使用流程¶

获取算例¶

module load lobster/5.1.0
cp -rfv $lobster_vasp_example .
cd fullerene

算例介绍¶

以官方提供的VASP算例的富勒烯（fullerene）为例，官方算例已提供VASP算例所需的计算输入文件，需要先使用VASP进行DFT计算，然后再进行LOBSTER的计算，下面示例为在思源一号使用1节点64核心进行计算，由于LOBSTER不支持跨节点并行，需要设置OMP线程参数。

准备作业脚本¶

#!/bin/bash

#SBATCH -J vasp
#SBATCH -p 64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --exclusive
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err

module purge
module load vasp/5.4.4-intel-2021.4.0
module load lobster/5.1-gcc-8.5.0

ulimit -s unlimited
mpirun vasp_std

export OMP_NUM_THREADS=64
lobster-5.1.0

提交作业¶

sbatch run.slurm

查看结果¶

writing SitePotentials.lobster and MadelungEnergies.lobster...
finished in 0 h 10 min 14 s 484 ms of wall time
            10 h  9 min 37 s 340 ms of user time
            0 h 10 min 33 s 560 ms of sys  time

参考资料¶

LOBSTER

最后更新: 2024 年 10 月 19 日