packmol¶

简介¶

Packmol 是一款开源软件，专门用于创建分子动力学（MD）模拟的初始配置。它的核心功能是将分子精确地放置在预定义的空间区域内，以确保短程排斥相互作用不会干扰模拟过程。Packmol 能够处理各种复杂的分子排列，例如层状、球形或管状的脂质层，并且支持多种输入文件格式，如PDB、TINKER、XYZ和MOLDY，这使得它具有广泛的使用范围。

可用的版本¶

集群	平台	版本	模块名
思源一号		20.0.0	packmol/20.0.0-gcc-11.2.0
Pi 2.0		20.0.0	packmol/20.0.0-gcc-8.5.0

集群上的 Packmol¶

思源一号 Packmol
Pi 2.0 Packmol

思源一号 Packmol¶

slurm 作业脚本示例：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=packmol
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module purge
module load packmol/20.0.0-gcc-11.2.0

packmol < packmol.inp

π2.0 Packmol¶

slurm 作业脚本示例：

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=packmol
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module purge
module load packmol/20.0.0-gcc-8.5.0

packmol < packmol.inp

运行官方算例¶

获取算例¶

wget https://m3g.github.io/packmol/examples/examples.tar.gz
tar -xvf examples.tar.gz
cd examples

算例信息：bilayer¶

Lipid bilayer with water over and below
Commented input file: bilayer-comment.inp
Clean input file: bilayer.inp
Alternative input file using different constraints:  bilayer2.inp
Molecules needed: palmitoil.pdb water.pdb
Output file: bilayer.pdb
Running time: 26 seconds
Number of atoms: 7200
Number of molecules: 1100
Number of variables: 6600

思源一号¶

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=packmol
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module purge
module load packmol/20.0.0-gcc-11.2.0

packmol < bilayer.inp

π2.0¶

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=packmol
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module purge
module load packmol/20.0.0-gcc-8.5.0

packmol < bilayer.inp

计算完成部分日志¶

################################################################################
Solution written to file: bilayer.pdb
--------------------------------------------------------------------------------
Running time:    24.3353214      seconds.
--------------------------------------------------------------------------------

参考资料¶

Packmol 官网

最后更新: 2024 年 10 月 19 日