packmol¶
简介¶
Packmol 是一款开源软件,专门用于创建分子动力学(MD)模拟的初始配置。它的核心功能是将分子精确地放置在预定义的空间区域内,以确保短程排斥相互作用不会干扰模拟过程。Packmol 能够处理各种复杂的分子排列,例如层状、球形或管状的脂质层,并且支持多种输入文件格式,如PDB、TINKER、XYZ和MOLDY,这使得它具有广泛的使用范围。
可用的版本¶
集群 |
平台 |
版本 |
模块名 |
---|---|---|---|
思源一号 |
20.0.0 |
packmol/20.0.0-gcc-11.2.0 |
|
Pi 2.0 |
20.0.0 |
packmol/20.0.0-gcc-8.5.0 |
集群上的 Packmol¶
思源一号 Packmol¶
slurm 作业脚本示例:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=packmol
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module purge
module load packmol/20.0.0-gcc-11.2.0
packmol < packmol.inp
π2.0 Packmol¶
slurm 作业脚本示例:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=packmol
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module purge
module load packmol/20.0.0-gcc-8.5.0
packmol < packmol.inp
运行官方算例¶
获取算例¶
wget https://m3g.github.io/packmol/examples/examples.tar.gz
tar -xvf examples.tar.gz
cd examples
算例信息:bilayer¶
Lipid bilayer with water over and below
Commented input file: bilayer-comment.inp
Clean input file: bilayer.inp
Alternative input file using different constraints: bilayer2.inp
Molecules needed: palmitoil.pdb water.pdb
Output file: bilayer.pdb
Running time: 26 seconds
Number of atoms: 7200
Number of molecules: 1100
Number of variables: 6600
思源一号¶
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=packmol
#SBATCH --partition=64c512g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module purge
module load packmol/20.0.0-gcc-11.2.0
packmol < bilayer.inp
π2.0¶
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=packmol
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
module purge
module load packmol/20.0.0-gcc-8.5.0
packmol < bilayer.inp
计算完成部分日志¶
################################################################################
Solution written to file: bilayer.pdb
--------------------------------------------------------------------------------
Running time: 24.3353214 seconds.
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参考资料¶
最后更新:
2024 年 11 月 22 日