GAMESS¶
简介¶
GAMESS（General Atomic and Molecular Electronic Structure System）是一款由Ames研究中心的Mark Gordon开发的开源量子化学软件。GAMESS的功能十分强大，能完成多种类型的计算任务。它支持使用RHF、UHF、ROHF或GVB波函数计算半经验MNDO、AM1或PM3模型；可以进行QM/MM计算，可以处理溶剂效应，很大程度上它可以成为Gaussian的替代品。 更多信息请访问https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess
软件下载¶
软件源代码需在Mark Gordon课题组主页上申请，同意协议、填写邮箱等信息后一两天内会收到下载链接、账户名和下载密码。（https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/download.html）
自行编译¶
1. 申请计算节点并加载模块¶
以选用gfortran为编译器，MKL为数学库，MPI并行编译为例
srun -p 64c512g -n 4 --pty /bin/bash
module purge
module load intel-oneapi-compilers/2022.1.0 intel-oneapi-mkl/2022.1.0 intel-oneapi-mpi/2021.6.0
2. 检查.bashrc 和 .bash_profile¶
检查bash shell配置（参考https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/faq/index.html#bashrc）
3. 解压并进入文件¶
tar -xvf gamess-current.tar.gz
cd ./gamess
4. 生成编译文件¶
方式一 在当前路径运行“./config”命令，并根据屏幕提示逐条输出选项 方式二 直接生成Makefile文件和install.info文件
生成Makefile文件（其中默认当前路径为./gamess）
touch Makefile
cat >> Makefile <<EOF
GMS_PATH = ${PWD}
GMS_VERSION = 00
include ${PWD}/Makefile.in
EOF
生成install.info文件（其中默认当前路径为./gamess，如需更改gamess编译路径，请修改GMS_BUILD_DIR值
touch install.info
cat >> install.info <<EOF
#!/bin/csh -f
# GAMESS Paths #
setenv GMS_PATH ${PWD}
setenv GMS_BUILD_DIR ${PWD}
# Machine Type #
setenv GMS_TARGET linux64
setenv GMS_HPC_SYSTEM_TARGET generic
# FORTRAN Compiler Setup #
setenv GMS_FORTRAN ifort
setenv GMS_IFORT_VERNO 22
# Mathematical Library Setup #
setenv GMS_MATHLIB mkl
setenv GMS_MATHLIB_PATH ${MKLROOT}/lib/intel64
setenv GMS_MKL_VERNO 12
setenv GMS_LAPACK_LINK_LINE ""
# parallel message passing model setup
setenv GMS_DDI_COMM sockets
# Michigan State University Coupled Cluster #
setenv GMS_MSUCC false
# LIBCCHEM CPU/GPU Code Interface #
setenv GMS_LIBCCHEM false
# Intel Xeon Phi Build: none/knc/knl #
setenv GMS_PHI none
# Shared Memory Type: sysv/posix #
setenv GMS_SHMTYPE sysv
# GAMESS OpenMP support: true/false #
setenv GMS_OPENMP false
# GAMESS LibXC library: true/false #
setenv GMS_LIBXC false
# GAMESS MDI library: true/false #
setenv GMS_MDI false
# VM2 library: true/false #
setenv GMS_VM2 false
# Tinker: true/false #
setenv TINKER false
# VB2000: true/false #
setenv VB2000 false
# XMVB: true/false #
setenv XMVB false
# NEO: true/false #
setenv NEO false
# NBO: true/false #
setenv NBO false
####################################################
# Added any additional environmental variables or #
# module loads below if needed. #
####################################################
# Capture floating-point exceptions #
setenv GMS_FPE_FLAGS ''
EOF
5. 编译¶
编译成功后将在目录中生成gamess.00.x的可执行文件
make ddi
make modules
make -j gamess
6. 配置运行环境¶
Gamess程序需要依靠rungms文件来调用可执行文件gamess.00.x，在编译后需调整rungms中的参数 修改当前目录下的rungms文件，其中GMSPATH为rungms文件所在地址、SCR为临时文件所在目录
set SCR=~app/gamess/scr
set USERSCR=~/app/gamess/scr
set GMSPATH=~/app/gamess
7. 验证¶
使用软件自带的测试示例进行测试，在当前路径下运行runall文件，并执行检查命令checktst
./runall 00
./tests/standard/checktst
得到如下内容表明验证算例全部通过
Checking the results of your sample GAMESS calculations,
the output files (exam??.log) will be taken from .
Only 48 out of 49 examples terminated normally.
Please check carefully each of the following runs:
grep: ./exam49.log: No such file or directory
./exam49.log
which did not completely finish.
exam01: Eerr=0.0e+00 Gerr=0.0e+00. Passed.
exam02: Eerr=0.0e+00 Gerr=0.0e+00 Serr=0.0e+00 Lerr=1.8e-03+6.6e-05. Passed.
exam03: Eerr=0.0e+00 Gerr=0.0e+00 Derr=0.0e+00. Passed.
.
.
.
.
exam48: E0err=0.0e+00 E1err=0.0e+00 Gerr=0.0e+00. Passed.