OVITO¶
简介¶
OVITO 是一款专业实用、功能强大的原子分子可视化及分析软件。界面美观，功能齐全，操作简单，支持超大规模原子快速显示。LAMMPS 的 dump 构型、VASP 的 POSCAR， XDATCAR 等构型均可由 OVITO 查看和编辑。
安装教程¶
安装OVITO的Python模块方法：
srun -n 4 -p cpu --pty /bin/bash #申请计算资源
module load miniconda3
source activate
conda create -n ovito python=3.8.18
conda activate ovito
conda clean --index-cache
conda install --strict-channel-priority -c https://conda.ovito.org -c conda-forge ovito==3.9.4
运行OVITO的Python模块方法:
module load miniconda3
source activate ovito
ovitos test.py
π 集群上使用 OVITO¶
使用 OVITO 查看原子构型有两种方法：
方法一：Studio 可视化平台里直接使用 OVITO（适合快速查看）
方法二：本地电脑 OVITO 远程调用集群上的原子构型文件
供测试的原子构型文件： cnt.dump （388 原子的碳纳米管）
/lustre/archive/samples/ovito/cnt.dump
方法一：Studio 平台里直接使用 OVITO¶
特点：无需安装 OVITO、按机时计费。
OVITO 需要在 HPC Studio 可视化平台上使用。集群登录节点不支持 OVITO 可视化显示
顶栏
Interactive Apps下拉菜单，选择ovito接下来进入资源选择界面。第一个
Desktop Instance Size默认选择1core，点击Launch等待几秒，甚或更长时间，取决于 small 队列可用资源量。Studio 上的应用以一个 small 队列作业申请资源
待资源申请成功，新的界面下方会出现
Launch ovito，点击进入 OVITO
注意：OVITO 使用完毕后需终止应用资源，否则之前申请的 small 队列会持续计费。有两种退出方法：
在 Studio 界面上点
Delete删除该作业。在 集群终端里输入
squeue命令查看作业，并用scancel终止该作业。
方法二：本地 OVITO 调用远程构型文件¶
特点：速度快、画质无损失、不计费。
在本地电脑开启 OVITO 软件，点击 OVITO 顶上的 File -> Load Remote File
地址栏按下方格式给定绝对路径。注意：集群路径 /lustre 前面无冒号
sftp://userXXX@login.hpc.sjtu.edu.cn/lustre/archive/samples/ovito/cnt.dump
参考资料¶
OVITO 官网 http://ovito.org