OVITO

简介

OVITO 是一款专业实用、功能强大的原子分子可视化及分析软件。界面美观，功能齐全，操作简单，支持超大规模原子快速显示。LAMMPS 的 dump 构型、VASP 的 POSCAR， XDATCAR 等构型均可由 OVITO 查看和编辑。

安装教程

安装OVITO的Python模块方法：

srun -n 4 -p cpu --pty /bin/bash #申请计算资源
module load miniconda3
source activate
conda create -n ovito python=3.8.18
conda activate ovito
conda clean --index-cache
conda install --strict-channel-priority -c https://conda.ovito.org -c conda-forge ovito==3.9.4

运行OVITO的Python模块方法:

module load miniconda3
source activate ovito
ovitos test.py

π 集群上使用 OVITO

使用 OVITO 查看原子构型有两种方法：

  • 方法一：Studio 可视化平台里直接使用 OVITO（适合快速查看）

  • 方法二：本地电脑 OVITO 远程调用集群上的原子构型文件

供测试的原子构型文件： cnt.dump （388 原子的碳纳米管）

/lustre/archive/samples/ovito/cnt.dump

方法一：Studio 平台里直接使用 OVITO

特点：无需安装 OVITO、按机时计费。

OVITO 需要在 HPC Studio 可视化平台上使用。集群登录节点不支持 OVITO 可视化显示

  1. 浏览器打开 https://studio.hpc.sjtu.edu.cn

  2. 顶栏 Interactive Apps 下拉菜单，选择 ovito

  3. 接下来进入资源选择界面。第一个 Desktop Instance Size 默认选择 1core，点击 Launch

  4. 等待几秒，甚或更长时间，取决于 small 队列可用资源量。Studio 上的应用以一个 small 队列作业申请资源

  5. 待资源申请成功，新的界面下方会出现 Launch ovito，点击进入 OVITO

注意：OVITO 使用完毕后需终止应用资源，否则之前申请的 small 队列会持续计费。有两种退出方法：

  1. 在 Studio 界面上点 Delete 删除该作业。

  2. 在 集群终端里输入 squeue 命令查看作业，并用 scancel 终止该作业。

方法二：本地 OVITO 调用远程构型文件

特点：速度快、画质无损失、不计费。

在本地电脑开启 OVITO 软件，点击 OVITO 顶上的 File -> Load Remote File

地址栏按下方格式给定绝对路径。注意：集群路径 /lustre 前面无冒号

sftp://userXXX@login.hpc.sjtu.edu.cn/lustre/archive/samples/ovito/cnt.dump
../../_images/ovito2.gif

参考资料