GPUMD

简介

GPUMD 是一款在GPU上实现的通用分子动力学软件包。GPUMD可以实现对金属、半导体、有机物等各类材料的高效率和高性价比的分子动力学模拟。GPUMD 提供极为高效NEP机器学习势函数，实现NEP训练与应用的无缝衔接，将量子力学精度的模拟扩展至介观尺度。

从源码编译 GPUMD 方法

git clone https://github.com/brucefan1983/GPUMD.git #这一步可以使用 github 的镜像站加速下载
cd src/
module load cuda/11.8.0
make

编译成功后，将在 src 文件夹下生成两个可执行文件 gpumd和nep

运行 GPUMD 方法

GPUMD 已作为环境模块安装在 π 和思源一号集群上。要运行模拟，请遵循以下步骤。

  1. 加载模块

module load gpumd

  1. 进入数据目录

cd /path/to/your/data_directory

  1. 执行模拟

注意

严禁在登录节点上直接运行 gpumd。你必须通过 Slurm 调度系统将作业提交到 GPU 计算分区

在 π 上运行

脚本如下 test1.slurm

#!/bin/bash

#SBATCH -J gpumd_example
#SBATCH -p dgx2
#SBATCH -N 1
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err

module load gpumd

# 设置资源限制，防止某些模拟意外终止
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited

# 这里进入你的数据所在文件夹
EXAMPLE_DIR="~/GPUMD/examples"
cd $EXAMPLE_DIR

#  运行gpumd模拟
srun gpumd

#  运行nep
# srun nep

提交作业

$ sbatch test1.slurm

在思源一号上运行

脚本如下 test2.slurm

#!/bin/bash

#SBATCH -J gpumd_example
#SBATCH -p a100
#SBATCH -N 1
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err

# 设置资源限制，防止某些模拟意外终止
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited

# 这里进入你的数据所在文件夹
EXAMPLE_DIR="~/GPUMD/example"
cd $EXAMPLE_DIR

#  运行gpumd模拟
srun ~/GPUMD/src/gpumd

#  运行nep
srun ~/GPUMD/src/nep

提交作业

$ sbatch test2.slurm

参考资料