RStudio

简介

RStudio是一个集成开发环境,主要支持R编程语言,专用于统计计算和图形。它包括一个控制台,支持代码执行的语法编辑器,以及用于绘制,调试和管理工作区的工具。

可用的版本

R版本

平台

RStudio版本

4.2.2

studio

2022.12.0

4.1.3

studio

2022.02.1

4.0.2

studio

1.2.5042

3.6.3

studio

1.2.5042

如何使用

使用超算的账号及密码登录 HPC Studio ,在导航栏 Interactive Apps 中选择 RStudio Server ,如下图:

../_images/RStudio_1.png

点击后会出现相关的启动界面,可以设置作业时间,资源情况,软件版本。设置完成后 Launch 即可运行:

../_images/RStudio_2.png

小技巧

π2.0 集群和思源一号的数据不互通,注意区分。

待界面从排队变成 Running 后,可通过 Connect to RStudio Server 连接到 Rstudio Server

../_images/RStudio_3.png

运行示例

所需的 R 依赖包需要自行安装:

# Upload library
library(circlize)
circos.par("track.height" = 0.4)

# Create data
data = data.frame(
  factor = sample(letters[1:8], 1000, replace = TRUE),
  x = rnorm(1000),
  y = runif(1000)
)

# Step1: Initialise the chart giving factor and x-axis.
circos.initialize( factors=data$factor, x=data$x )

# Step 2: Build the regions.
circos.trackPlotRegion(factors = data$factor, y = data$y, panel.fun = function(x, y) {
  circos.axis()
})

# Step 3: Add points
circos.trackPoints(data$factor, data$x, data$y, col="#69b3a2")
../_images/RStudio_4.png
最后更新: 2024 年 05 月 11 日