STAR

简介

STAR的基本使用流程分为两步:

生成基因组索引文件。你需要提供基因组序列(FASTA)和注释文件(GTF) 将读段回帖到基因组。这一步需要提供的是RNA-seq数据,格式目前都是FASTQ/FASTA, 最后会得到很多很多的文件,常规的SAM/BAM文件,可变剪切点文件,未回帖上的读段和常用于展示信号的WIG文件。