Relion

简介

Relion 是由 MRC 的 Scheres 在 2012 年发布的针对单颗粒冷冻电镜图片进行处理的框架。

π 集群上的 Relion

查看 π 集群上已编译的 GPU 版软件:

$ module av relion

调用该模块:

$ module load relion/3.0.8

使用 GPU 版本的 Relion

在 dgx2 队列上使用 1 块 gpu,并配比 6 cpu 核心。脚本名称可设为 slurm.test

#!/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH -p dgx2
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=6
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --gres=gpu:1

module load relion/3.0.8

srun --mpi=pmi2 relion_refine_mpi (relion 的命令...)

使用以下指令提交作业

$ sbatch slurm.test

使用 HPC Studio 启动可视化界面

参照可视化平台,登陆 HPC Studio,在顶栏选择 Relion:

avater image1

参考资料