OVITO

简介

OVITO is a scientific visualization and analysis software for atomistic and particle simulation data. It helps scientists gain better insights into materials phenomena and physical processes. The program is freely available for all major platforms under an open source license. It has served in a growing number of computational simulation studies as a powerful tool to analyze, understand and illustrate simulation results.

π 集群上使用 OVITO

使用 OVITO 查看原子构型有两种方法:

一、在本地电脑的 OVITO 上,远程调用 π 集群上的原子构型文件(推荐)

二、在可视化平台的远程桌面里调用 π 集群上的 OVITO

方法一:本地 OVITO 调用远程构型文件

特点:速度快、画质无损失、不计费

本地电脑的 OVITO 加载 π 集群远程文件

点击 Ovito 顶上的 File -> Load Remote File

地址栏按下方格式,给定绝对路径。注意:π 集群路径前面无冒号

sftp://userXXX@login.hpc.sjtu.edu.cn/lustre/home/acct-userXXX/userXXX/SiVacancy.cfg

../_images/ovito2.gif

方法二:远程桌面运行 π 集群上的 OVITO

特点:无需安装 OVITO、远程桌面按使用机时计费

在 HPC Studio 上连接远程桌面

OVITO 需要在 HPC Studio 可视化平台上使用。π 集群登陆节点不支持 OVITO 显示。

HPC Studio 可视化平台通过浏览器访问:https://studio.hpc.sjtu.edu.cn

浏览器需为 chrome, firefox 或 edge。

  1. 浏览器打开 https://studio.hpc.sjtu.edu.cn

  2. 顶栏 Interactive Apps 下拉菜单,选择第一个 Desktop

  3. Desktop 里第一个 “Desktop Instance Size” 选择 16core-desktop(根据需求选择),然后点击 Launch

  4. 等待几秒,甚或更长时间,取决于 small 队列可用资源量。Studio 的远程桌面以一个正常的 small 队列作业启动

  5. 启动后,右上角会显示 1 node 16 core Running. 然后点击 Launch Desktop

远程桌面启动 gnuplot

在远程桌面空白处右键单击,Open Terminal Here 打开终端

$ module load ovito
$ ovito
../_images/ovito.gif

结束后退出远程桌面

远程桌面作业,使用完毕后需退出,否则会持续计费。两种退出方法:

  1. 在 Studio 界面上点 “Delete” 删除该作业。

  2. 或在 π 集群上用 squeue 查看作业,并用 scancel 终止该作业。

参考资料