CP2k

CP2K is a quantum chemistry and solid state physics software package that can perform atomistic simulations of solid state, liquid, molecular, periodic, material, crystal, and biological systems.

π 集群上的CP2K

π 集群系统中已经预装 CP2K (GNU+cpu 版本),可用以下命令查看和加载:

$ module av cp2k
$ module load cp2k

若不指定版本,将采用默认的 module(标记为 D)

π 集群上的Slurm脚本slurm.test

在 cpu 队列上,总共使用 40 核 (n = 40) cpu 队列每个节点配有 40核,所以这里使用了 1 个节点:

#!/bin/bash

#SBATCH -J nechem_test
#SBATCH -p cpu
#SBATCH -n 40
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err

module load cp2k
module load openmpi/3.1.5-gcc-9.2.0
module load gcc/9.2.0-gcc-4.8.5

ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited

srun --mpi=pmi2 cp2k.popt -i example.inp

并使用如下指令提交:

$ sbatch slurm.test

参考资料