BCFtools

简介

BCFtools主要是用来操作vcf和BCF文件的工具合集,包含有许多命令。

CPU 版本 BCFtools conda安装方法

module purge
module load miniconda3
conda create -n mypy_py27 python=2.7
source activate mypy_py27
conda install -c bioconda manta

CPU 版本BCFtools

示例脚本如下(bcftools.slurm):

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load bcftools/1.9-gcc-9.2.0
bcftools query -f '%CHROM %ID %POS %REF %ALT [ %TGT]\n' test.vcf.gz -o test.extract.txt
bcftools stats test.vcf > test.vcf.stats

使用如下指令提交:

$ sbatch bcftools.slurm

ARM 版本BCFtools

示例脚本如下(bcftools.slurm):

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=arm128c256g
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module use /lustre/share/spack/modules/kunpeng920/linux-centos7-aarch64
module load bcftools/1.10.2-gcc-9.3.0-openblas
bcftools query -f '%CHROM %ID %POS %REF %ALT [ %TGT]\n' test.vcf.gz -o test.extract.txt
bcftools stats test.vcf > test.vcf.stats

使用如下指令提交:

$ sbatch bcftools.slurm